Hi Yun,<div><br></div><div>Have you read <a href="http://ambermd.org/formats.html">http://ambermd.org/formats.html</a>?</div><div><br></div><div>In particular, this note:</div><div><br></div><div>&quot;&quot;&quot;</div><div>

<span class="Apple-style-span" style="font-family: Times; background-color: rgb(255, 255, 255); font-size: medium; ">NOTE: <i>the atom numbers in the following arrays that describe bonds, angles, and dihedrals are coordinate array indexes for runtime speed. The true atom number equals the absolute value of the number divided by three, plus one. In the case of the dihedrals, if the fourth atom is negative, this implies that the dihedral is an improper. If the third atom is negative, this implies that the end group interations are to be ignored. End group interactions are ignored, for example, in dihedrals of various ring systems (to prevent double counting of 1-4 interactions) and in multiterm dihedrals.</i></span></div>

<div>&quot;&quot;&quot;</div><div><br></div><div>I may be failing to understand what you mean by &quot;<span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">GLYCAM force field assigns negative force constants to some dihedrals&quot;.</span></div>

<div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif">Anyway, since GMX 4.5 can go without RB convertions, you can do this:</font></div>

<div><br></div><div>acpype -x disac.inpcrd -p disac.prmtop --gmx45</div><div><br></div><div>If you have sander, you can do just one step of EM and compare against one step EM with GMX. Do the proper conversions and Energies diff should be &lt; 0.001%.</div>

<div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>Alan<br><br><div class="gmail_quote">On 12 September 2011 21:21, Yun Shi <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:yunshi09@gmail.com">yunshi09@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Hi all,<br><br>I am not a CS person, but I did find something in acpype.py as <br><br>.............<br>                if phase in [0, 180]:<br>

                    properDihedralsGmx45.append([item[0].atoms, phaseRaw, kPhi, period])<br>

                    if not self.gmx45:<br>                        if kPhi &gt; 0: V[period] = 2 * kPhi * cal<br>                        if period == 1:<br>                            C[0] += 0.5 * V[period]<br>                            if phase == 0:<br>



                                C[1] -= 0.5 * V[period]<br>                            else:<br>                                C[1] += 0.5 * V[period]<br>                        elif period == 2:<br>......................<br>



<br>kPhi here seems to be the dihedral force constant, and it seems if kPhi &lt; 0, no value will be assigned to C[0], C[1], C[2] ...<br><br>I wonder if the negative dihedral force constants problem could be solved by changing &#39;kPhi &gt; 0&#39; to &#39;kPhi != 0&#39; for acpype?<br>



<br>Thanks,<br><font color="#888888"><br>Yun<br>
</font><br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Alan Wilter SOUSA da SILVA, DSc<div>

Bioinformatician, UniProt - PANDA, EMBL-EBI<br>CB10 1SD, Hinxton, Cambridge, UK</div><div>+44 1223 49 4588</div><br>
</div>