<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman,new york,times,serif;font-size:12pt"><div>You can either use -ighn option in pdb2gmx or mannualy rename the atom names in the pdb file.<br><br>Cheers,<br>Jianguo <br></div><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><br><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><font face="Tahoma" size="2"><hr size="1"><b><span style="font-weight: bold;">From:</span></b> KONG Xian &lt;xianshine@gmail.com&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> gmx-users@gromacs.org<br><b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Tuesday, 13 September 2011 15:36:41<br><b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> [gmx-users] how to handle different atom names between pdb and rtp files.<br></font><br><meta http-equiv="x-dns-prefetch-control" content="off">
 
<style><!--
 
 _filtered {font-family:SimSun;panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
 _filtered {font-family:"Cambria Math";panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
 _filtered {font-family:SimSun;panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
 
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;margin-bottom:.0001pt;text-align:justify;text-justify:inter-ideograph;font-size:10.5pt;font-family:"sans-serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {color:blue;text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {color:purple;text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {font-family:"sans-serif";color:windowtext;}
.MsoChpDefault
        {}
 
 _filtered {margin:72.0pt 90.0pt 72.0pt 90.0pt;}
div.WordSection1
        {}
--></style><div class="WordSection1"><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:&quot;serif&quot;;" lang="EN-US">Hello, I’ve got a pdb file,but while I convert it to gro files, I met such problem:</span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:&quot;serif&quot;;" lang="EN-US"> &nbsp;</span></p><p class="MsoNormal"><i><span style="font-size:12.0pt;font-family:&quot;serif&quot;;" lang="EN-US">Atom HA in residue MET 1 was not found in rtp entry MET with 11 atoms while sorting atoms</span></i></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:&quot;serif&quot;;" lang="EN-US"> &nbsp;</span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:&quot;serif&quot;;" lang="EN-US">I find that in the rtp files of the ff files, the H atom linked with C-alpha is called H, but in the pdb file, the same hydrogen atom is called HA, I think this may be the problem. </span></p><p
 class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:&quot;serif&quot;;" lang="EN-US"> &nbsp;</span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:&quot;serif&quot;;" lang="EN-US">So, my problem is, how to convert my pdb files to make the atom names consistent between the pdb and rtp files?</span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:&quot;serif&quot;;" lang="EN-US"> &nbsp;</span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:&quot;serif&quot;;" lang="EN-US"> &nbsp;</span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:&quot;serif&quot;;" lang="EN-US">KONG Xian</span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:&quot;serif&quot;;" lang="EN-US">Tsinghua University, Beijing, China</span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:&quot;serif&quot;;" lang="EN-US">2011/9/13</span></p></div> <br><br>__________
 Information from ESET NOD32 Antivirus, version of virus signature database 6458 (20110912) __________<br><br>The message was checked by ESET NOD32 Antivirus.<br><br><a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.eset.com">http://www.eset.com</a><br> <meta http-equiv="x-dns-prefetch-control" content="on"></div></div>



</div></body></html>