<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 15/09/2011 5:13 AM, Juliette N. wrote:
    <blockquote
cite="mid:CAGDQh4ov-HFhMe2ttOFqDxxGTORWOzMJLt39jMYt7=bVDT+BJA@mail.gmail.com"
      type="cite">Hello,<br>
      <br>
      For the equilibration one usually looks at the total energy or the
      observable of interest to be independent of time. I wanted to
      figure out when we are referring to equilibration which of the run
      time or n_steps parameters are important. One could run 1,000,000
      steps with dt of 0.001 ps or 0.002 ps</blockquote>
    <br>
    Your use of constraints is a critical factor in determining the
    largest time step that will lead to simulation stability.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAGDQh4ov-HFhMe2ttOFqDxxGTORWOzMJLt39jMYt7=bVDT+BJA@mail.gmail.com"
      type="cite"> ending up with 1 and 2 ns simulation times. Can we
      infer that 2 ns trial is closer to equilibration or one needs to
      look at the n_steps regardless of total run time. I hope my
      question in clear to receive your feedback.<br>
      &nbsp;<br>
      Thanks,<br>
      <br>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>