Hi Mark and Justin,<br><br>I think I should be more specific here. So i.e., I want to study the interaction between a protein receptor and a carbohydrate ligand with MD simulation, and I plan to use ff99sb for protein while glycam06 for carbohydrate.<br>

<br>Since the two force fields are parameterized using different scaling factors, I should use different fudge values, although these values will not DIRECTLY affect inter-molecular interactions.<br><br>So how to set this up, if it is possible, within .top file and .itp files?<br>

<br>Thanks,<br>Yun<br>