Unfortunately genbox will put waters anywhere there is a space, including inside the membrane.  This can easily be fixed by making a script to remove waters that are z +/- ~2 nm from the membrane center (you should run g_density on the system to figure out the optimal distance filter).  You can run this after running genbox.<br>
<br><div class="gmail_quote">On Sun, Sep 18, 2011 at 5:12 PM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">

  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000"><div class="im">
    On 19/09/2011 9:42 AM, Sweta Iyer wrote:
    <blockquote type="cite">Hi,
      <div>I embedded my protein of interest into a DMPC membrane by the
        g_membed tool with the following command:</div>
      <div>
        <div style="margin-top:0px;margin-right:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0px"><font size="3"><span style="font-size:12px">g membed
              -f input.tpr -p system.top  -n index.ndx -xyinit 0.1
              -xyend 1.0 -nxy 1000 -zinit 1.1 -zend 1.0 -nz 100</span></font></div>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      <div>I then energy minimized the resultant structure for 1 ns
        before the position restraint dynamics and the productive run.</div>
      <div>My structure looks fine after the em. However, when I do the
        PR and look at the structure it looks weird in that half of the
        protein is hanging out of the membrane and there seems to be a
        patch of water molecules that seem to have entered the membrane.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>I have no clue what must be possibly going wrong here. Should
        I have equilibrated  the system for longer than 1ns or is it
        something wrong with the membrane insertion.</div>
      <br>
    </blockquote>
    <br></div>
    Sounds like the advice here might be useful. <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Periodic_Boundary_Conditions" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Periodic_Boundary_Conditions</a><br>
<font color="#888888">
    <br>
    Mark<br>
  </font></div>

<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><font><font size="2">====================================<br>

Michael D. Daily<br>
Postdoctoral research associate<br>
Pacific Northwest National Lab (PNNL)<br>
509-375-4581<br>
(formerly Qiang Cui group, University of Wisconsin-Madison)</font></font><br>