<br><br>
<div class="gmail_quote">On Sun, Sep 18, 2011 at 5:07 PM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div class="im">On 19/09/2011 2:02 AM, Steven Neumann wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Hi Gromacs Users,<br>Can anyone explain me why in g_bond the distance is takes &lt;= 3.5nm.<br></blockquote>
<br></div>If you mean g_hbond, and are using units incorrectly, 0.35nm would be a characteristic distance cut-off for deciding whether a hydrogen bond might exist.... 
<div class="im"><br>That is what I already know...</div></blockquote>
<div> </div>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div class="im"><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">It is said that it comes from the first minimum o RDF of Oxygen atoms in SPC water model. I am sorry, but I just do not catch this. Thank you in advance.<br>
</blockquote><br></div>Said where? About what? :)<br><br>Mark<br></blockquote>
<div> </div>
<div>About cutoff 0.35 nm. See Manual 4.5.4 - page 213 and Figure 8.3 - RDF of O-O atoms in SPC water model. Can you explain this 0.35 nm value as a first minima?</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid"><font color="#888888"><br>-- <br>gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></blockquote></div><br>