<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 19/09/2011 1:13 AM, Gideon Lapidoth wrote:
    <blockquote
cite="mid:CAB7OWN-TXnEu0-vD9cEHF6XOz9rkbyvN-438m+_fG-_ZF_R_OA@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="ltr">Hi all,
        <div><br>
        </div>
        <div>I ran g_energy in order to calculate the LJ&nbsp;energy between
          a pip2 (<span class="Apple-style-span" style="font-family:
            sans-serif; line-height: 31px; background-color: rgb(255,
            255, 255); ">Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate) molecule</span>&nbsp;and
          the solvent&nbsp;using&nbsp;GROMACS&nbsp;4.0.7. the pip2 &nbsp;molecule is very
          polar and the avg.&nbsp;coulomb&nbsp;energy value I got between the
          ligand and solvent was ~ 3100 KJ.</div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    An equilibrated condensed-phase system of mixed positive and
    negative charges using a normal biomolecular force field should have
    negative Coulomb PE.<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAB7OWN-TXnEu0-vD9cEHF6XOz9rkbyvN-438m+_fG-_ZF_R_OA@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="ltr">
        <div> The solvent includes water molecules and Cl and Na ions to
          counter the pip2 charge. the production run was done in npt
          conditions. the total charge of the pip2 molecule is -6 e.&nbsp;The
          avg. LJ&nbsp; energy I got was ~190 KJ.&nbsp;</div>
        <div>I am trying make sense of this. could it be that the polar
          interactions between the solvent and ligand are so strong that
          they can influence a positive LJ&nbsp;energy? &nbsp;</div>
        <div>Does anyone have any idea why this could be ? <br>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    Force fields are parameterized to reproduce certain experimental or
    computational results, in the hope that such reproduction will
    permit simulations using that force field to sample similar chemical
    ensembles with correct frequencies. They're not parameterized such
    that the absolute values of any energies or energy components means
    anything, and one has to work hard to demonstrate anything sensible
    about energy differences, too. What were you hoping to observe?<br>
    <br>
    Mark<br>
  </body>
</html>