<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi,<div>I embedded my protein of interest into a DMPC membrane by the g_membed tool with the following command:</div><div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 10px/normal Helvetica; "><font class="Apple-style-span" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px;">g membed -f input.tpr -p system.top &nbsp;-n index.ndx -xyinit 0.1 -xyend 1.0 -nxy 1000 -zinit 1.1 -zend 1.0 -nz 100</span></font></div></div><div><br></div><div>I then energy minimized the resultant structure for 1 ns before the position restraint dynamics and the productive run.</div><div>My structure looks fine after the em. However, when I do the PR and look at the structure it looks weird in that half of the protein is hanging out of the membrane and there seems to be a patch of water molecules that seem to have entered the membrane.</div><div><br></div><div>I have no clue what must be possibly going wrong here. Should I have equilibrated &nbsp;the system for longer than 1ns or is it something wrong with the membrane insertion.</div><div><br></div><br clear="both">
______________________________________________________________________<BR>
The information in this email is confidential and intended solely for the addressee.<BR>
You must not disclose, forward, print or use it without the permission of the sender.<BR>
______________________________________________________________________<BR>
</body></html>