Dear gmx-users, <div><br></div><div>I am trying to perform the Normal Mode Analysis of 24 kDa protein in water. Here is the .mdp file I am using:</div><div><br></div><div><div>integrator          = nm</div><div>dt                  =  0.002                   </div>
<div>nsteps              =  10000                </div><div>emtol              =  1                       </div><div>nstcomm             =  1                     </div><div>nstxout             =  0                   </div>
<div>nstxtcout           =  1000</div><div>nstvout             =  0                        </div><div>nstlog              =  5000                    </div><div>nstenergy           =  20                </div><div>nstlist             =  6                     </div>
<div>ns_type             =  grid                  </div><div>coulombtype         =  cut-off</div><div>epsilon_r           =  80.0</div><div>rcoulomb            =  1.4</div><div>fourierspacing      =  0.12</div><div>pmeorder            =  4</div>
<div>optimize_fft        =  yes</div><div>ewald_rtol          =  1.0e-5</div><div>DispCorr            =  EnerPres</div><div>constraints = none</div><div>rlist               =  0.9                  </div><div>rvdw                =  0.9                    </div>
<div>Tcoupl              =  berendsen                </div><div>ref_t<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>    =  330 </div><div>tc-grps             =  protein<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                        </span></div>
<div>tau_t<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>    =  0.5 </div><div>Pcoupl              =  no                 <span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span></div><div>Pcoupltype          =  isotropic            </div>
<div>tau_p               =  1.0                 </div><div>compressibility     =  4.5e-5</div><div>ref_p               =  1.0</div><div>gen_vel             =  no                      </div><div>gen_temp            =  300                  </div>
<div>gen_seed            =  1993              </div></div><div><br></div><div><br></div><div>And I get the error message: </div><div><br></div><div><div>Fatal error:</div><div>Constraints present with Normal Mode Analysis, this combination is not supported</div>
<div>For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS</div><div>website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a></div><div><br></div>
<div>despite the constraint = none line. </div><div><br></div><div>I am using GROMACS 4.5.4</div><div><br></div><div>Any suggestions will be very welcomed</div><div><br></div><div>Thanks!</div><div><br></div><div><br></div>
-- <br>Andrey Dyachenko<br>PhD Student<div><br></div><div>Design, structure and synthesis of peptides and proteins<br>Institute for Research in Biomedicine (IRB Barcelona)<br>C/Baldiri i Reixac 10-12<br>08028 Barcelona<br>
Tel: +34 93 403 71 27<br>Fax: +34 93 403 71 26<br><a href="http://www.irbbarcelona.org" target="_blank">www.irbbarcelona.org</a><br><a href="http://www.pcb.ub.es/giralt/html/home.html" target="_blank">www.pcb.ub.es/giralt/html/home.html</a></div>
<br>
</div>