Dear users, <br><br>I was trying to simulate a protein dimer covalently bond with<br>a disulphide bond (230+230 aa long). I used usual protocol<br>as used for simulation of a monomeric protein, using gromacs-<br>4.5.3, dodecahedron box, tip4p water model and protein to <br>

box distance of 1 (-d in editconf). In the middle of the simulation <br>when i checked for minimum image violation there was huge <br>clashes. I am extremely sorry I have been asking regarding this <br>many times but in this it is a dimer and I am not sure what mistake<br>

I have done because this happened while simulating another dimer<br>also though not sever. Hence I seek some guidance from this<br>community regarding the problem. I attach the graph herewith.<br>Kindly help. Let me know if I need to give any other information.<br>

<br>Thanking you<br>With Regards<br>M. Kavyashree<br><font color="#888888"><img title="therm.png" alt="therm.png" src="cid:ii_1328b822604c2624" height="421" width="541"></font>