
<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    On 21/09/2011 1:38 AM, Andrey Dyachenko wrote:

    <blockquote

cite="mid:CAEsXS9AO40ZgYYgfYZQ+u+w_peSUvD77iNYFoimKfS9cYa359g@mail.gmail.com"

      type="cite">Dear gmx-users,&nbsp;

      <div><br>

      </div>

      <div>I am trying to perform the Normal Mode Analysis of 24 kDa

        protein in water. Here is the .mdp file I am using:</div>

      <div><br>

      </div>

      <div>

        <div>integrator &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= nm</div>

        <div>dt &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0.002 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;</div>

        <div>nsteps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;10000 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div>

        <div>emtol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;</div>

        <div>nstcomm &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;</div>

        <div>nstxout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;</div>

        <div>nstxtcout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;1000</div>

        <div>nstvout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div>

        <div>nstlog &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;5000 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div>

        <div>nstenergy &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;20 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div>

        <div>nstlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;6 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;</div>

        <div>ns_type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;grid &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div>

        <div>coulombtype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;cut-off</div>

        <div>epsilon_r &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;80.0</div>

        <div>rcoulomb &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1.4</div>

        <div>fourierspacing &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0.12</div>

        <div>pmeorder &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;4</div>

        <div>optimize_fft &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;yes</div>

        <div>ewald_rtol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1.0e-5</div>

        <div>DispCorr &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;EnerPres</div>

        <div>constraints = none</div>

        <div>rlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;0.9 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div>

        <div>rvdw &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0.9 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div>

        <div>Tcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;berendsen &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div>

        <div>ref_t<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">

          </span> &nbsp; &nbsp;= &nbsp;330&nbsp;</div>

        <div>tc-grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;protein<span class="Apple-tab-span"

            style="white-space:pre"> </span></div>

        <div>tau_t<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">

          </span> &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0.5&nbsp;</div>

        <div>Pcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;no &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <span

            class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span></div>

        <div>Pcoupltype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;isotropic &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div>

        <div>tau_p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;1.0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;</div>

        <div>compressibility &nbsp; &nbsp; = &nbsp;4.5e-5</div>

        <div>ref_p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;1.0</div>

        <div>gen_vel &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;no &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div>

        <div>gen_temp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;300 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div>

        <div>gen_seed &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1993 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div>

      </div>

      <div><br>

      </div>

      <div><br>

      </div>

      <div>And I get the error message:&nbsp;</div>

      <div><br>

      </div>

      <div>

        <div>Fatal error:</div>

        <div>Constraints present with Normal Mode Analysis, this

          combination is not supported</div>

        <div>For more information and tips for troubleshooting, please

          check the GROMACS</div>

        <div>website at <a moz-do-not-send="true"

            href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a></div>

        <div><br>

        </div>

        <div>despite the constraint = none line.&nbsp;</div>

        <br>

      </div>

    </blockquote>

    <br>

    By default, the water models include constraints. Check out the .itp

    file for your water, and you can use a define = -DWHATEVER in your

    .mdp file to choose a flexible water model. Be sure you really want

    (all of the) water present in this analysis.<br>

    <br>

    Mark<br>

  </body>

</html>