The current scheme for the proper dihedral scaling for free energy simulation assumes the same multiplicity for both states. This is problematic if we want to change, e.g., a CH3 group to an NO2 group. We can manipulate the topology file to make it right. However, it is not general and can be confusing for many users.<br>
<br>I&#39;d like to implement simple linear scaling in the code. i.e.,<br><br>U(pdih, lambda) = (1-lambda)*U(pdih, A)+lambda*U(pdih, B)<br>and dU/dlambda = U(pdih, B)-U(pdih, A)<br><br>I was wondering if you can give me some hints on how to do that. I notice there is no multA or multB, instead, only mult.<br>
<br>Thanks,<br>Luke<br>