Dear users,<br><br>g_rmsf -s run.tpr -f run.xtc -od rmsdev.xvg -o rmsf.xvg -res<span style="color:blue;
mso-ansi-language:EN-US" lang="EN-US"></span><br><br>With the option -od the root mean square deviation with respect to the reference structure is calculated.<br>Then,<br>RMSDEV is the RMSD per residue (the root mean square deviation with respect to the reference structure is calculated).<br>
<br>and<br>RMSF is the RMSD per residue (the root mean square fluctuation (RMSF, i.e. standard deviation) of atomic positions after (optionally) fitting to a reference frame). That is, it is the measurement averaged over all atoms in each residue.<br>
<br>Now what difference?<br><br>I am confused.<br clear="all"><br>-- <br>Ahmet YILDIRIM<br>