On Thu, Sep 22, 2011 at 11:34 AM, elisa carli <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:elisacarli21@gmail.com">elisacarli21@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Dear All<br> <br>I&#39;d like to perfom a MD simulation on a membrane protein using DLPC or DPPC system<br>I&#39;ve downloaded the API package from this link <a href="http://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Molecule_topologies" target="_blank">http://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Molecule_topologies</a><br>

 <br>DPPC.zip and DLPC.zip by schiu<br> <br>How can I use them? Where can I get a tutorial or commands illustrating the use of these packages?<br> <br>Thanks in advance
<br></blockquote><div> Here is a rough procedure: <br><br><a href="http://www.nanoconductor.org/43A1-S3/" target="_blank">http://www.nanoconductor.org/43A1-S3/</a><br>
<br>Took Chiu&#39;s  DPPC.zip as an example. We use the speptide.pdb peptide
 from the gromacs tutorial (it&#39;s a bad choice to put it in the dppc, but
 we just try it).<br><br>pdb2gmx_g -f speptide.pdb -o speptide.gro<br>
<br>choose <br>9: GROMOS96 43a1 force field<br>1: SPC    simple point charge, recommended<br><br>$ tail -1 dppc.gro <br>   5.68585   5.60685   6.85739<br><br>To be as simple as possible here, we use the dimension of the dppc.gro<br>

<br>editconf_g -f speptide.gro -o speptide_newbox.gro -center 2.5 2.5 4.2  -box  5.68585   5.60685   6.85739<br> <br>now solvate the peptide into the pre-equilibrillium-ed DPPC.gro by<br><br>genbox_g -cp speptide_newbox.gro -cs dppc.gro -o system.gro -p topol.top<br>

<br><br>Now cp the em.mdp from some_path_to/share/gromacs/tutor/speptide,<br><br>the purpose of doing a simple energy minimization here just want to &quot;test&quot; the topol.top.<br><br>it used 43A1-S3 force field (You can download from <a href="http://www.nanoconductor.org/43A1-S3/" target="_blank">http://www.nanoconductor.org/43A1-S3/</a>).<br>

<br>The head of topol.top: <br>; Include forcefield parameters<br>#include &quot;ffG43A1-S3.itp&quot; <br>
#include &quot;lipids_43A1-S3.itp&quot;<br><br>The tail of topol.top:<br><br>[ molecules ]<br>; Compound        #mols<br>Protein             1<br>DPPC         71<br>SOL              3205<br><br>I manually added DPPC  71.<br>

<br>please copy the  lipids_43A1-S3.itp    ffG43A1-S3.itp    
ffG43A1-S3par.02.itp from the downloaded 43A1-S3 force field into 
current directory,<br>extra copy ff_dum.itp from  some_path_to/share/gromacs/top/43a1s3.ff/ff_dum.itp into current working directory.<br>
<br>I attached all those files in try.tar.gz<br><a href="https://docs.google.com/leaf?id=0B93SVRfpVVg3ZmUxM2ExOTctYTJlNC00MzAxLWI4ZWItNDI2MGM4OThmN2Nj&amp;hl=en_GB">https://docs.google.com/leaf?id=0B93SVRfpVVg3ZmUxM2ExOTctYTJlNC00MzAxLWI4ZWItNDI2MGM4OThmN2Nj&amp;hl=en_GB</a><br>
<br>mdrun_g -v -deffnm em<br><br>works well. </div><br clear="all"></div><br>-- <br>Best Regards,<br><br>lina<br><br><br>