<div>Hi everyone,</div>
<div> </div>
<div>I did a simulation in an amazon cluster with 7.5 GB memory and 4 EC2 Compute Units (2 virtual cores with 2 EC2 Compute Units each) and it was done with 0.5ns/day. Now Im running a simulation in another amazon cluster of 7 GB of memory and 20 EC2 Compute Units (8 virtual cores with 2.5 EC2 Compute Units each), but still the speed is same even if i use &quot;mpirun -np 8&quot; with the mdrun, and finally its taking the same time as 2core system, i.e. 0.5ns/day. I would like to know whether I should make any changes during compilation?  I had enabled mpirun while compiling GROMACS. Do I need to make any changes, so that it will consider all the 8 processors?</div>

<div> </div>
<div>Thank you very much.</div>
<div> </div>
<div>Sumanth<br><br clear="all"><br>-- <br></div>
<div><span style="TEXT-TRANSFORM: none; BACKGROUND-COLOR: rgb(255,255,255); TEXT-INDENT: 0px; FONT: 13px arial, sans-serif; WHITE-SPACE: normal; LETTER-SPACING: normal; COLOR: rgb(0,0,0); WORD-SPACING: 0px"><font face="georgia,serif"><strong></strong></font></span></div>

<div><span style="TEXT-TRANSFORM: none; BACKGROUND-COLOR: rgb(255,255,255); TEXT-INDENT: 0px; FONT: 13px arial, sans-serif; WHITE-SPACE: normal; LETTER-SPACING: normal; COLOR: rgb(0,0,0); WORD-SPACING: 0px"><font face="georgia,serif"><strong>Sumanth Kumar.M<br>
</strong> </font></span></div>
<div><span style="TEXT-TRANSFORM: none; BACKGROUND-COLOR: rgb(255,255,255); TEXT-INDENT: 0px; FONT: 13px arial, sans-serif; WHITE-SPACE: normal; LETTER-SPACING: normal; COLOR: rgb(0,0,0); WORD-SPACING: 0px"><font face="georgia,serif">On-the-Job Trainee<br>
Plant Molecular Biology Lab.<br>Plant Breeding, Genetics and Biotechnology<br>International Rice Research Institute<br>DAPO-7777, Metro Manila<br>Philippines<br>Tel :  <span> </span>+63- 9163129718</font></span><span style="TEXT-TRANSFORM: none; BACKGROUND-COLOR: rgb(255,255,255); TEXT-INDENT: 0px; FONT: 13px arial, sans-serif; WHITE-SPACE: normal; LETTER-SPACING: normal; COLOR: rgb(0,0,0); WORD-SPACING: 0px"><font face="georgia,serif"><br>
email :<span> <a href="mailto:s.kumar@irri.org" target="_blank">s.kumar@irri.org</a></span></font></span></div>
<div><span style="TEXT-TRANSFORM: none; BACKGROUND-COLOR: rgb(255,255,255); TEXT-INDENT: 0px; FONT: 13px arial, sans-serif; WHITE-SPACE: normal; LETTER-SPACING: normal; COLOR: rgb(0,0,0); WORD-SPACING: 0px"><font face="georgia,serif"><span>               <a href="mailto:sumanthkumar07@gmail.com" target="_blank">sumanthkumar07@gmail.com</a></span></font></span></div>
<br>