<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 23/09/2011 10:19 AM, V&iacute;ctor Bahamonde wrote:
    <blockquote cite="mid:SNT120-W2878A0E4F964B6A27EDD99AA0F0@phx.gbl"
      type="cite">
      <style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Tahoma
}
--></style>
      <div dir="ltr">
        Hello gmx users
        <div><br>
        </div>
        <div>I have a question related to gromacs compilation</div>
        <div>in the &nbsp;same machine, are there any difference in the
          result of MD when I compile the same version of gromacs but
          with diferent version of gcc?</div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    Yes, MD systems are chaotic. The tiniest differences in the
    executable will cause trajectories from the same starting point to
    diverge. They're sampling the same ensemble, i.e. within the limits
    of the model being used, but they don't necessarily reproduce each
    other.<br>
    <br>
    <blockquote cite="mid:SNT120-W2878A0E4F964B6A27EDD99AA0F0@phx.gbl"
      type="cite">
      <div dir="ltr">
        <div>also, gcc 4.1.x still broken?</div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    It is thought that some 4.1.x version is broken for GROMACS.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote cite="mid:SNT120-W2878A0E4F964B6A27EDD99AA0F0@phx.gbl"
      type="cite">
      <div dir="ltr">
        <div>I use Debian 5 and Debian 6 on amd phenom II quad core.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Thanks in advance.<br>
          <br>
          <i>V&iacute;ctor E. Bahamonde Padilla<br>
            Laboratorio de Fisicoqu&iacute;mica Molecular<br>
            Departamento de Qu&iacute;mica<br>
            Facultad de Ciencias<br>
            Universidad de Chile<br>
            Phone: 562-978-7443<br>
            <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:veduardo@ug.uchile.cl">veduardo@ug.uchile.cl</a></i><br>
        </div>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>