<div dir="ltr">Hello,<br><br>I have done simulations on cyclic peptide nanotubes and trying to calculate the atomic concentration in the x and y axis, to measure the diameter of the tube. I have tried using the g_rdf, but the results are confusing to interpret. Here is the steps which I followed, <br>


<br>1. using trjconv, rotational and translational motions are removed from the centered trajectory. <br>2. and then, g_rdf -f trj.xtc -s ref.gro -n index.ndx -o out.xvg  (I understood that the &quot;-rdf atom&quot; option is the default one and this will calculate the <span style="font-size:12.0pt;line-height:115%;font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;">atomic distribution in the x and y plane) <br>

<br>I am not sure whether the elimination of translational and rotational motions is enough to calculate this property, should I have to align the structure in the z axis using the PCA analysis? <br><br>Regards,<br>Raj.<br>

<br></span></div>