HI Mark,<br><br>i have a .xvg data for the distance of two atoms in each time frame.<br><br><br>0.000000e+00  7.191033e-01<br>1.000000e+00  7.304224e-01<br>2.000000e+00  8.983867e-01<br>3.000000e+00  8.779736e-01<br>4.000000e+00  8.236583e-01<br>
5.000000e+00  8.298320e-01<br>6.000000e+00  7.703011e-01<br>7.000000e+00  8.569826e-01<br>8.000000e+00  7.428180e-01<br>9.000000e+00  7.487683e-01<br>1.000000e+01  8.106729e-01<br>1.100000e+01  8.702058e-01<br>1.200000e+01  8.823072e-01<br>
1.300000e+01  8.902194e-01<br>1.400000e+01  6.122664e-01<br>1.500000e+01  5.804662e-01<br>1.600000e+01  6.207849e-01<br>1.700000e+01  4.852896e-01<br>1.800000e+01  5.297776e-01<br>1.900000e+01  5.432515e-01<br>2.000000e+01  5.888653e-01<br>
2.100000e+01  4.620140e-01<br><br><br>Now i want to find the autocorrelation of the time frame. so i should provide this file as such for input in g_analyze ie x as time and y as distance? or are there any criteria for the g_analyze input.<br>
<br>Thanks,<br><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Sep 26, 2011 at 12:38 PM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div class="im">On 26/09/2011 4:51 PM, aiswarya pawar wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Hi users,<br>
<br>
I have data with the time frame and the distances, how will compute the autocorrelation of this. i did g_analyze but still dont understand what should be the y axis data when providing input for g_analyze. please help.<br>

</blockquote>
<br></div>
I don&#39;t understand your question. Your first sentence implies you know what quantity you want to autocorrelate, and the second implies you don&#39;t.<br>
<br>
g_analyze needs a time series in an .xvg file of some data to compute an autocorrelation. Usually, an .xvg file written by a GROMACS tool is already prepared for such further analysis.<br>
<br>
Mark<br><font color="#888888">
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></blockquote></div><br>