<font color="#000099"><font face="verdana,sans-serif">Thanks for the information.</font></font><div><font color="#000099"><font face="verdana,sans-serif"><br></font></font></div><div><font class="Apple-style-span" color="#000099" face="verdana, sans-serif">It looks the pdb2gmx can generate the posre.itp file and what I use is</font><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 0, 153); font-family: verdana, sans-serif; "> &quot;pdb2gmx -ignh -ff amber03 -f *.pdb -o *.gro -p *.top -water spce&quot;.</span></div>
<div><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 0, 153); font-family: verdana, sans-serif; ">The file shows:</span></div><div>; In this topology include file, you will find position restraint</div><div>; entries for all the heavy atoms in your original pdb file.</div>
<div>; This means that all the protons which were added by pdb2gmx are</div><div>; not restrained.<span class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 0, 153); font-family: verdana, sans-serif; ">&quot;</span></div><div><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 0, 153); font-family: verdana, sans-serif; "><div>
[ position_restraints ]</div><div>; atom  type      fx      fy      fz</div><div>     1     1  1000  1000  1000</div><div>     3     1  1000  1000  1000</div><div>     6     1  1000  1000  1000</div><div>     8     1  1000  1000  1000</div>
<div>     9     1  1000  1000  1000</div><div>    11     1  1000  1000  1000</div><div>    12     1  1000  1000  1000</div><div>    14     1  1000  1000  1000</div><div>    15     1  1000  1000  1000</div><div>    16     1  1000  1000  1000</div>
<div>    17     1  1000  1000  1000</div><div>    20     1  1000  1000  1000</div><div>    21     1  1000  1000  1000</div><div>    23     1  1000  1000  1000</div><div>    24     1  1000  1000  1000</div><div>    25     1  1000  1000  1000</div>
<div>    27     1  1000  1000  1000</div><div>    29     1  1000  1000  1000</div><div>    31     1  1000  1000  1000</div><div>    32     1  1000  1000  1000</div><div>    33     1  1000  1000  1000</div><div>    34     1  1000  1000  1000</div>
<div>    35     1  1000  1000  1000</div><div>    36     1  1000  1000  1000</div><div>    39     1  1000  1000  1000</div><div>    41     1  1000  1000  1000</div><div>    42     1  1000  1000  1000</div><div>    44     1  1000  1000  1000</div>
<div>    45     1  1000  1000  1000</div><div>    47     1  1000  1000  1000</div><div>    49     1  1000  1000  1000</div><div>    50     1  1000  1000  1000</div><div>    51     1  1000  1000  1000</div><div>    53     1  1000  1000  1000</div>
<div>    54     1  1000  1000  1000</div><div>    55     1  1000  1000  1000</div><div>    57     1  1000  1000  1000</div><div>    59     1  1000  1000  1000</div><div>    61     1  1000  1000  1000</div><div>    62     1  1000  1000  1000</div>
<div>    63     1  1000  1000  1000</div><div>    64     1  1000  1000  1000</div><div>    65     1  1000  1000  1000</div><div>    66     1  1000  1000  1000</div><div>    69     1  1000  1000  1000</div><div>    71     1  1000  1000  1000</div>
<div>    72     1  1000  1000  1000</div><div>    74     1  1000  1000  1000</div><div>    75     1  1000  1000  1000</div><div>    77     1  1000  1000  1000</div><div>    78     1  1000  1000  1000</div><div>    79     1  1000  1000  1000</div>
<div>    80     1  1000  1000  1000</div><div>    81     1  1000  1000  1000</div><div>    83     1  1000  1000  1000</div><div>    84     1  1000  1000  1000</div><div>    87     1  1000  1000  1000</div><div>    88     1  1000  1000  1000</div>
<div>    89     1  1000  1000  1000</div><div>    91     1  1000  1000  1000</div><div>    93     1  1000  1000  1000</div><div>    95     1  1000  1000  1000</div><div>    96     1  1000  1000  1000</div><div>    97     1  1000  1000  1000</div>
<div>    98     1  1000  1000  1000</div><div>    99     1  1000  1000  1000</div><div>   100     1  1000  1000  1000</div><div>   103     1  1000  1000  1000</div><div>   105     1  1000  1000  1000</div><div>   106     1  1000  1000  1000</div>
<div>   108     1  1000  1000  1000</div><div>   109     1  1000  1000  1000</div><div>   111     1  1000  1000  1000</div><div>   113     1  1000  1000  1000</div><div>   114     1  1000  1000  1000</div><div>   117     1  1000  1000  1000</div>
<div>   118     1  1000  1000  1000</div><div>   119     1  1000  1000  1000</div><div>   120     1  1000  1000  1000</div><div>   122     1  1000  1000  1000</div><div>   124     1  1000  1000  1000</div><div>   126     1  1000  1000  1000</div>
<div>   127     1  1000  1000  1000</div><div>   128     1  1000  1000  1000</div><div>   129     1  1000  1000  1000</div><div>   130     1  1000  1000  1000</div><div>   131     1  1000  1000  1000</div><div>   134     1  1000  1000  1000</div>
<div>   136     1  1000  1000  1000</div><div>   137     1  1000  1000  1000</div><div>   139     1  1000  1000  1000</div><div>   140     1  1000  1000  1000</div><div>   142     1  1000  1000  1000</div><div>   144     1  1000  1000  1000</div>
<div>   145     1  1000  1000  1000</div><div>   146     1  1000  1000  1000</div><div>   148     1  1000  1000  1000</div><div>   149     1  1000  1000  1000</div><div>   150     1  1000  1000  1000</div><div>   152     1  1000  1000  1000</div>
<div>   154     1  1000  1000  1000</div><div>   156     1  1000  1000  1000</div><div>   157     1  1000  1000  1000</div><div>   158     1  1000  1000  1000</div><div>   159     1  1000  1000  1000</div><div>   160     1  1000  1000  1000</div>
<div>   161     1  1000  1000  1000</div><div>   164     1  1000  1000  1000</div><div>   166     1  1000  1000  1000</div><div>   167     1  1000  1000  1000</div><div>   169     1  1000  1000  1000</div><div>   170     1  1000  1000  1000</div>
<div>   172     1  1000  1000  1000</div><div>   174     1  1000  1000  1000</div><div>   175     1  1000  1000  1000</div><div>   176     1  1000  1000  1000</div><div>   178     1  1000  1000  1000</div><div>   179     1  1000  1000  1000</div>
<div>   180     1  1000  1000  1000</div><div>   182     1  1000  1000  1000</div><div>   184     1  1000  1000  1000</div><div>   186     1  1000  1000  1000</div><div>   187     1  1000  1000  1000</div><div>   188     1  1000  1000  1000</div>
<div>   189     1  1000  1000  1000</div><div>   190     1  1000  1000  1000</div><div>   191     1  1000  1000  1000</div><div>   194     1  1000  1000  1000</div><div>   196     1  1000  1000  1000</div><div>   197     1  1000  1000  1000</div>
<div>   199     1  1000  1000  1000</div><div>   200     1  1000  1000  1000</div><div>   202     1  1000  1000  1000</div><div>   203     1  1000  1000  1000</div><div>   204     1  1000  1000  1000</div><div>   205     1  1000  1000  1000</div>
<div>   208     1  1000  1000  1000</div><div>   209     1  1000  1000  1000</div><div>   211     1  1000  1000  1000</div><div>   212     1  1000  1000  1000</div><div>   213     1  1000  1000  1000</div><div>   215     1  1000  1000  1000</div>
<div>   217     1  1000  1000  1000</div><div>   219     1  1000  1000  1000</div><div>   220     1  1000  1000  1000</div><div>   221     1  1000  1000  1000</div><div>   222     1  1000  1000  1000</div><div>   223     1  1000  1000  1000</div>
<div>   224     1  1000  1000  1000</div><div>   227     1  1000  1000  1000</div><div>   229     1  1000  1000  1000</div><div>   230     1  1000  1000  1000</div><div>   232     1  1000  1000  1000</div><div>   233     1  1000  1000  1000</div>
<div>   235     1  1000  1000  1000</div><div>   236     1  1000  1000  1000</div><div>   237     1  1000  1000  1000</div><div>   238     1  1000  1000  1000</div><div>   241     1  1000  1000  1000</div><div>   242     1  1000  1000  1000</div>
<div>   244     1  1000  1000  1000</div><div>   245     1  1000  1000  1000</div><div>   246     1  1000  1000  1000</div><div>   248     1  1000  1000  1000</div><div>   250     1  1000  1000  1000</div><div>   252     1  1000  1000  1000</div>
<div>   253     1  1000  1000  1000</div><div>   254     1  1000  1000  1000</div><div>   255     1  1000  1000  1000</div><div>   256     1  1000  1000  1000</div><div>   257     1  1000  1000  1000</div><div>   260     1  1000  1000  1000</div>
<div>   262     1  1000  1000  1000</div><div>   263     1  1000  1000  1000</div><div>   265     1  1000  1000  1000</div><div>   266     1  1000  1000  1000</div><div>   268     1  1000  1000  1000</div><div>   269     1  1000  1000  1000</div>
<div>   270     1  1000  1000  1000</div><div>   271     1  1000  1000  1000</div><div>   274     1  1000  1000  1000</div><div>   275     1  1000  1000  1000</div><div>   277     1  1000  1000  1000</div><div>   278     1  1000  1000  1000</div>
<div>   279     1  1000  1000  1000</div><div>   281     1  1000  1000  1000</div><div>   283     1  1000  1000  1000</div><div>   285     1  1000  1000  1000</div><div>   286     1  1000  1000  1000</div><div>   287     1  1000  1000  1000</div>
<div>   288     1  1000  1000  1000</div><div>   289     1  1000  1000  1000</div><div>   290     1  1000  1000  1000</div><div>   293     1  1000  1000  1000</div><div>   295     1  1000  1000  1000</div><div>   296     1  1000  1000  1000</div>
<div>   298     1  1000  1000  1000</div><div>   299     1  1000  1000  1000</div><div>   301     1  1000  1000  1000</div><div>   302     1  1000  1000  1000</div><div>   303     1  1000  1000  1000</div><div>   304     1  1000  1000  1000</div>
<div>   305     1  1000  1000  1000</div><div>   307     1  1000  1000  1000</div><div>   308     1  1000  1000  1000</div><div>   311     1  1000  1000  1000</div><div>   312     1  1000  1000  1000</div><div>   313     1  1000  1000  1000</div>
<div>   315     1  1000  1000  1000</div><div>   317     1  1000  1000  1000</div><div>   319     1  1000  1000  1000</div><div>   320     1  1000  1000  1000</div><div>   321     1  1000  1000  1000</div><div>   322     1  1000  1000  1000</div>
<div>   323     1  1000  1000  1000</div><div>   324     1  1000  1000  1000</div><div>   327     1  1000  1000  1000</div><div>   329     1  1000  1000  1000</div><div>   330     1  1000  1000  1000</div><div>   332     1  1000  1000  1000</div>
<div>   333     1  1000  1000  1000</div><div>   335     1  1000  1000  1000</div><div>   337     1  1000  1000  1000</div><div>   338     1  1000  1000  1000</div><div>   341     1  1000  1000  1000</div><div>   342     1  1000  1000  1000</div>
<div>   343     1  1000  1000  1000</div><div>   344     1  1000  1000  1000</div><div>   346     1  1000  1000  1000</div><div>   348     1  1000  1000  1000</div><div>   350     1  1000  1000  1000</div><div>   351     1  1000  1000  1000</div>
<div>   352     1  1000  1000  1000</div><div>   353     1  1000  1000  1000</div><div>   354     1  1000  1000  1000</div><div>   355     1  1000  1000  1000</div><div>   358     1  1000  1000  1000</div><div>   360     1  1000  1000  1000</div>
<div>   361     1  1000  1000  1000</div><div>   363     1  1000  1000  1000</div><div>   364     1  1000  1000  1000</div><div>   366     1  1000  1000  1000</div><div>   367     1  1000  1000  1000</div><div>   368     1  1000  1000  1000</div>
<div>   369     1  1000  1000  1000</div><div>   372     1  1000  1000  1000</div><div>   373     1  1000  1000  1000</div><div>   375     1  1000  1000  1000</div><div>   376     1  1000  1000  1000</div><div>   377     1  1000  1000  1000</div>
<div>   379     1  1000  1000  1000</div><div>   381     1  1000  1000  1000</div><div>   383     1  1000  1000  1000</div><div>   384     1  1000  1000  1000</div><div>   385     1  1000  1000  1000</div><div>   386     1  1000  1000  1000</div>
<div>   387     1  1000  1000  1000</div><div>   388     1  1000  1000  1000</div><div>   391     1  1000  1000  1000</div><div>   393     1  1000  1000  1000</div><div>   394     1  1000  1000  1000</div><div>   396     1  1000  1000  1000</div>
<div>   397     1  1000  1000  1000</div><div>   399     1  1000  1000  1000</div><div>   401     1  1000  1000  1000</div><div>   402     1  1000  1000  1000</div><div>   403     1  1000  1000  1000</div><div>   405     1  1000  1000  1000</div>
<div>   406     1  1000  1000  1000</div><div>   407     1  1000  1000  1000</div><div>   409     1  1000  1000  1000</div><div>   411     1  1000  1000  1000</div><div>   413     1  1000  1000  1000</div><div><br></div></span></div>
<div><font class="Apple-style-span" color="#000099" face="verdana, sans-serif">So how to adjust the force constraint to the harmonic poteitial E = k(r-r0)^2, with different values of k?</font></div><div><font class="Apple-style-span" color="#000099" face="verdana, sans-serif"><br>
</font></div><div><font class="Apple-style-span" color="#000099" face="verdana, sans-serif">I am totally a new user of Gromacs, even MD simulation. Please help, Thanks a lot.</font></div><div><br><div class="gmail_quote">
On Mon, Sep 26, 2011 at 4:56 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<br>
<br>
Liu, Liang wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Firstly I want to thank for your reply, yes, it should be position restraint.<br>
<br>
I don&#39;t know how to reply in the thread, actually that was my first post. Therefore I have to ask you here, hope it also work to you.<br>
<br>
</blockquote>
<br>
Simply reply to the message.  The discussion needs to stay on the list.  The members are not private tutors.<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
My question is how to perform a position restraint simulation with the heavy atom constrained to its initial position by a harmonic potential E=k(r-r0)^2,<br>
which changes with k equal to 0, 10, 20, ..., 90, 100, and so on?<br>
<br>
</blockquote>
<br>
You can adjust the force constant in the posre.itp file.  There is no automated way of decreasing or increasing a restraint; independent simulations must be run on the different topologies.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Thanks, and any helps will be highly appreciated.<br>
<br>
-- <br>
Best,<br>
Liang Liu<br>
</blockquote>
<br>
-- <br>
==============================<u></u>==========<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | <a href="tel:%28540%29%20231-9080" value="+15402319080" target="_blank">(540) 231-9080</a><br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
==============================<u></u>==========<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Best,<br>Liang Liu<br>
</div>