Hi all,<br><br>I just noted that the tip3p water converted from amber format to gromacs format is<br><br>[ moleculetype ]<br>; molname       nrexcl ; TIP3P model<br>  WAT             2<br><br>[ atoms ]<br>;   nr   type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass<br>

     1     OW      1     WAT     O      1     -0.834   16.00000<br>     2     HW      1     WAT    H1      1      0.417    1.00800<br>     3     HW      1     WAT    H2      1      0.417    1.00800<br><br>#ifdef FLEXIBLE<br>

[ bonds ]<br>; i j   funct   length  force.c.<br>1   2   1   0.09572   462750.4 0.09572   462750.4<br>1   3   1   0.09572   462750.4 0.09572   462750.4<br><br>[ angles ]<br>; i j   k   funct   angle   force.c.<br>2   1   3   1   104.520    836.800  104.520    836.800<br>

#else<br>[ settles ]<br>; i j   funct   length<br>1   1   0.09572 0.15139<br><br>[ exclusions ]<br>1   2   3<br>2   1   3<br>3   1   2<br>#endif<br><br><br>while in amber99sb.ff/tip3p.itp. it is <br><br> moleculetype ]<br>

; molname       nrexcl<br>SOL             2<br><br>[ atoms ]<br>; id  at type     res nr  res name  at name  cg nr  charge    mass<br>  1   OW          1       SOL       OW       1      -0.834    16.00000<br>  2   HW          1       SOL       HW1      1       0.417     1.00800<br>

  3   HW          1       SOL       HW2      1       0.417     1.00800<br><br>#ifndef FLEXIBLE<br><br>[ settles ]<br>; OW    funct   doh     dhh<br>1       1       0.09572 0.15139<br><br>[ exclusions ]<br>1       2       3<br>

2       1       3<br>3       1       2<br><br>#else<br><br>[ bonds ]<br>; i     j       funct   length  force_constant<br>1       2       1       0.09572 502416.0   0.09572        502416.0<br>1       3       1       0.09572 502416.0   0.09572        502416.0<br>

<br><br>[ angles ]<br>; i     j       k       funct   angle   force_constant<br>2       1       3       1       104.52  628.02      104.52  628.02<br><br>#endif<br><br>So it seems that the force_constants for O-H bond and H-O-H angle are different? Does this mean amber and gromacs use different parameters for tip3p water? or it&#39;s just acpype is not working right?<br>

<br>Thanks,<br>Yun<br>