<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 26/09/2011 5:31 PM, xiaojing gong wrote:
    <blockquote
cite="mid:CAOm9RSX_RZr+QnyiunXWm2Sk-ovkC-VzVujyrtdLAncT9nKRiQ@mail.gmail.com"
      type="cite">Hi, many thanks for your answer.<br>
      <br>
      &gt;&gt; Any dynamical simulation has a lowest-energy structure...
      whether this means anything is another question.<br>
      <br>
      I am just wondering whether the structures you find with MD
      determined mainly by thermodynamics&nbsp; (i.e. the lowest energy
      structures) or by kinetics (i.e. the structures <br>
      with the lowest activation barriers)?<br>
      <br>
      I wonder to know how can I set the parameters and in which
      condition I obtain the structure by thermodynamics, and in which
      condition (with which parameter setting) I can obtain the
      structure by kinetics. <br>
      <br>
      &gt;&gt; MD samples the free-energy surface. Its shape and the
      temperature determine what structures might be found, and in what
      proportions.<br>
      <br>
      Do you mean that I can obtain the structure by thermodynamics in
      longer and higher temperature ; obtain the structure by kinetics
      in shorter and lower temperature?<br>
    </blockquote>
    <br>
    You are drawing some artificial distinction whose purpose I do not
    understand.&nbsp; A short simulation on a FES at a temperature low enough
    that the barriers are larger than the readily available KE will be
    kinetically trapped. I'd guess that most MD simulations that have
    ever been run have suffered from this defect. The shape of the FES
    will generally vary with temperature also.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAOm9RSX_RZr+QnyiunXWm2Sk-ovkC-VzVujyrtdLAncT9nKRiQ@mail.gmail.com"
      type="cite"><br>
      <br>
      <br>
      <div class="gmail_quote">2011/9/26 Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a
            moz-do-not-send="true" href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span><br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
          .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
          <div class="im">On 26/09/2011 6:41 AM, xiaojing gong wrote:<br>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
              .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
              Dear all&#65292;<br>
              A question about, in MD, in which situation you can obtain
              a structure with lowest energy.<br>
            </blockquote>
            <br>
          </div>
          Any dynamical simulation has a lowest-energy structure...
          whether this means anything is another question.
          <div class="im"><br>
            <br>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
              .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
              Can MD simulate the kinetics process, and obtain a
              stuctrue with the lowest activation barriers?<br>
            </blockquote>
            <br>
          </div>
          Mapping free-energy surfaces where bonds are not made or
          broken can be done with conventional MD.
          <div class="im"><br>
            <br>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
              .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
              Typically, are the structures we find with MD determined
              mainly by thermodynamics or by kinetics ?<br>
            </blockquote>
            <br>
          </div>
          MD samples the free-energy surface. Its shape and the
          temperature determine what structures might be found, and in
          what proportions.<br>
          <br>
          Mark<br>
          <font color="#888888">
            -- <br>
            gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
            <a moz-do-not-send="true"
              href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"
              target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
            Please search the archive at <a moz-do-not-send="true"
              href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search"
              target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
            before posting!<br>
            Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use
            the www interface or send it to <a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org"
              target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
            Can't post? Read <a moz-do-not-send="true"
              href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"
              target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
          </font></blockquote>
      </div>
      <br>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>