<div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">&gt; Thanks.<br>
&gt;<br>
&gt; Is this position restraint same to the one &quot;Position Restrained MD&quot;. I<br>
&gt; see some tutorial shows there are always three step to perform a<br>
&gt; simulation: Energy minimization, Position Restrained MD and MD Simulation.<br>
<br>
&quot;Always&quot; is too strong, but this is common.<br>
<br>
&gt; Is it possible to fulfill the position restraint during Position<br>
&gt; Restrained MD? Thanks.<br>
<br>
Yes, hence the name. How well they can be fulfilled depends on the<br>
initial and simulation conditions.<br></blockquote><div><br></div><div>Thanks for this information.</div><div>But how to perform a harmonic potential to all the heavy atoms of RNA?</div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">Justin said this one should be adjusted in the posre.itp file, and what I see in the file is all 1000. Does this means k=1000 in the equation of E = k (r-r0)^2?</span></div>
<div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">Thanks.</span></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">

<br>
Mark<br></blockquote></div><div><br></div>-- <br>Best,<br>Liang Liu<br>