<font color="#000099"><font face="verdana,sans-serif">It is weird why I always receive the digest of the mailing list but the specific topic?<br></font></font><br><div class="gmail_quote">On Tue, Sep 27, 2011 at 9:14 AM, Liu, Liang <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:liu4gre@gmail.com">liu4gre@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div class="im">&gt; Thanks.<br>
&gt;<br>
&gt; Is this position restraint same to the one &quot;Position Restrained MD&quot;. I<br>
&gt; see some tutorial shows there are always three step to perform a<br>
&gt; simulation: Energy minimization, Position Restrained MD and MD Simulation.<br>
<br></div>
&quot;Always&quot; is too strong, but this is common.<div class="im"><br>
<br>
&gt; Is it possible to fulfill the position restraint during Position<br>
&gt; Restrained MD? Thanks.<br>
<br></div>
Yes, hence the name. How well they can be fulfilled depends on the<br>
initial and simulation conditions.<br></blockquote><div><br></div><div>Thanks for this information.</div><div>But how to perform a harmonic potential to all the heavy atoms of RNA?</div><div><span style="font-family:arial, sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255, 255, 255)">Justin said this one should be adjusted in the posre.itp file, and what I see in the file is all 1000. Does this means k=1000 in the equation of E = k (r-r0)^2?</span></div>

<div><span style="font-family:arial, sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255, 255, 255)">Thanks.</span></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">


<br>
Mark<br></blockquote></div><font color="#888888"><div><br></div>-- <br>Best,<br>Liang Liu<br>
</font></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Best,<br>Liang Liu<br>