<div><font color="#000099"><font face="verdana,sans-serif">Thanks for the information. I installed the mpi version with &quot;sudo apt-get install gromacs-openmpi&quot; under Ubuntu.</font></font></div><font color="#000099"><font face="verdana,sans-serif"><div>
<font color="#000099"><font face="verdana,sans-serif"><br></font></font></div>Then run &quot;mdrun_mpi -s md.tpr -replex 10 -multi 10&quot;?  Another error appears, &quot;The number of nodes (1) is not a multiple of the number of simulations (10)&quot;. What is this for?<br>
</font></font><br><div class="gmail_quote">On Wed, Sep 28, 2011 at 1:02 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div class="im"><br>
<br>
Liu, Liang wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Does that mean I have to use MPI? I got an error &quot;mdrun -multi is not supported with the thread library.Please compile GROMACS with MPI support&quot; after run &quot;mdrun -s md.tpr -multi 10 -replex 10&quot;<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
Per the error message, yes.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">
On Wed, Sep 28, 2011 at 12:58 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>

<br>
<br>
<br>
    Liu, Liang wrote:<br>
<br>
        Hi everyone,<br>
        I tried to use Gromacs to run REMD simulation.<br>
        Firstly a set of (md#).mdp file are make and the grompp command<br>
        can generate the same amount of (md#).tpr file.<br>
        Assume # = 10,<br>
        then I tried to run REMD as mdrun -s md.tpr -np 10 -replex 10.<br>
<br>
        However, a fetal error shows as &quot;Need at least two replicas for<br>
        replica exchange (option -multi)&quot;, what is this for? Thanks.<br>
<br>
<br>
<br>
    You have to use the -multi flag.  Otherwise all mdrun does is run<br>
    md.tpr and try to do REMD with nothing.<br>
<br>
    <a href="http://www.gromacs.org/__Documentation/How-tos/REMD#__Execution_Steps" target="_blank">http://www.gromacs.org/__<u></u>Documentation/How-tos/REMD#__<u></u>Execution_Steps</a><br>
    &lt;<a href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/REMD#Execution_Steps" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Documentation/How-tos/REMD#<u></u>Execution_Steps</a>&gt;<br>
<br>
    -Justin<br>
<br>
    --     ==============================<u></u>__==========<br>
<br>
    Justin A. Lemkul<br>
    Ph.D. Candidate<br>
    ICTAS Doctoral Scholar<br>
    MILES-IGERT Trainee<br>
    Department of Biochemistry<br>
    Virginia Tech<br>
    Blacksburg, VA<br></div>
    jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | <a href="tel:%28540%29%20231-9080" value="+15402319080" target="_blank">(540) 231-9080</a><br>

    &lt;tel:%28540%29%20231-9080&gt;<div class="im"><br>
    <a href="http://www.bevanlab.biochem." target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.</a>__<a href="http://vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank"><u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
    &lt;<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a>&gt;<br>
<br>
    ==============================<u></u>__==========<br>
    --     gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="im"><br>
    <a href="http://lists.gromacs.org/__mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/__<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
    &lt;<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a>&gt;<br>
    Please search the archive at<br>
    <a href="http://www.gromacs.org/__Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/__<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a><br>
    &lt;<a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a>&gt; before posting!<br>
    Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
    interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@<u></u>gromacs.org</a>&gt;.<div class="im"><br>
    Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/__Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/__<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
    &lt;<a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a>&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
-- <br>
Best,<br>
Liang Liu<br>
</div></blockquote><div><div></div><div class="h5">
<br>
-- <br>
==============================<u></u>==========<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | <a href="tel:%28540%29%20231-9080" value="+15402319080" target="_blank">(540) 231-9080</a><br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
==============================<u></u>==========<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Best,<br>Liang Liu<br>