Hello,<br><br>I am using g_cluster to cluster trajectories. <br clear="all">The exact command I am using is : g_cluster -s protein.pdb -f all.trr -n index.ndx -o rmsd-clust.xpm -method gromos -cutoff 0.07 -wcl 250. This command gives me 145 clusters. <br>

<br>This command writes out a rmsd-clust.xpm, which is the RMSD distance matrix. Since the trajectory is quite huge, i want to perform the RMSD matrix computation only once.<br>If I want to change options of clustering, I have tried giving the computed matrix as input to another run but the results are quite different. <br>

<br>For example : g_cluster -s ubqs.pdb -f all.trr -n index.ndx -dm rmsd-clust.xpm -method gromos -cutoff 0.07 -wcl 250 would then give only 3 clusters. <br><br>Can somebody please advice me on how to avoid recomputing the RMSD distance matrix for each change in clustering option??<br>

<br>Thanks<br>Santhosh<br><br>