I repeated the nvt equilibration with 500 ps and it was successful , after confirming the temperature graph. But during npt simulation, I got the following error:-<br><br>step 131500, will finish Thu Sep 29 01:54:20 2011imb F  2% <br>
step 131520: Water molecule starting at atom 6981 can not be settled.<br>Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br><br>-------------------------------------------------------<br>
Program mdrun, VERSION 4.5.4<br>Source code file: pme.c, line: 538<br><br>Fatal error:<br>1 particles communicated to PME node 0 are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension x.<br>
This usually means that your system is not well equilibrated.<br><br><br>Since there are large no. of water molecules after 6981 , it means that it is not happening because oh some interaction with phosphate ion. What shall be done to rectify this ??<br>
<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Sep 28, 2011 at 12:35 PM, Dallas Warren <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Dallas.Warren@monash.edu">Dallas.Warren@monash.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">






<div link="blue" vlink="purple" lang="EN-US">
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D">And where are these waters?  Close to the phosphate ions?<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D">You really need to be asking more questions, looking at the trajectory file / frames when it blows up, and determining what is actually going on by yourself.<u></u><u></u></span></p>
<div class="im">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;color:#1F497D">Catch ya,<br>
<br>
Dr. Dallas Warren<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;color:#1F497D">Medicinal Chemistry and Drug Action<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;color:#1F497D">Monash Institute of Pharmaceutical Sciences</span><span style="font-size:10.0pt;color:#1F497D">, Monash University<br>
381 Royal Parade, Parkville VIC 3010<br>
<a href="mailto:dallas.warren@monash.edu" target="_blank">dallas.warren@monash.edu</a><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;color:#1F497D">+61 3 9903 9304<br>
---------------------------------<br>
When the only tool you own is a hammer, every problem begins to resemble a nail.</span><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D">
<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D"><u></u> <u></u></span></p>
</div><div style="border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0cm 0cm 0cm 4.0pt">
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt"> <a href="mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-bounces@gromacs.org</a> [mailto:<a href="mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-bounces@gromacs.org</a>]
<b>On Behalf Of </b>bharat gupta<br>
<b>Sent:</b> Wednesday, 28 September 2011 1:30 PM<br>
<b>To:</b> Discussion list for GROMACS users<br>
<b>Subject:</b> [gmx-users] Re: simulation of protein/water and phosphate ion<u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal"></p><div class="im">it&#39;s showing error that certain atoms cannot be settled and these atoms are of solvent molecules i.e. Water
<br>
<br>
<br>
On Wednesday, September 28, 2011, Dallas Warren &lt;<a href="mailto:Dallas.Warren@monash.edu" target="_blank">Dallas.Warren@monash.edu</a>&gt; wrote:<br></div><div><div></div><div class="h5">
&gt; What is actually blowing up?  The protein or the phosphate ions?  Do the phosphate ions run OK by themselves in water?<br>
&gt;<br>
&gt;  <br>
&gt;<br>
&gt; Catch ya,<br>
&gt;<br>
&gt; Dr. Dallas Warren<br>
&gt;<br>
&gt; Medicinal Chemistry and Drug Action<br>
&gt;<br>
&gt; Monash Institute of Pharmaceutical Sciences, Monash University<br>
&gt; 381 Royal Parade, Parkville VIC 3010<br>
&gt; <a href="mailto:dallas.warren@monash.edu" target="_blank">dallas.warren@monash.edu</a><br>
&gt;<br>
&gt; +61 3 9903 9304<br>
&gt; ---------------------------------<br>
&gt; When the only tool you own is a hammer, every problem begins to resemble a nail.<br>
&gt;<br>
&gt;  <br>
&gt;<br>
&gt; From: <a href="mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-bounces@gromacs.org</a> [mailto:<a href="mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-bounces@gromacs.org</a>] On Behalf Of bharat gupta<br>

&gt; Sent: Wednesday, 28 September 2011 12:48 PM<br>
&gt; To: <a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>; Discussion list for GROMACS users<br>
&gt; Subject: Re: [gmx-users] Re: simulation of protein/water and phosphate ion<br>
&gt;<br>
&gt;  <br>
&gt;<br>
&gt; Hi,<br>
&gt;<br>
&gt; I tried simulating the system again but this time with 2 phsophate ion and the charge of the system was neutralized by adding 6 sodium ions . After minimizing , I equilibrated for 500 ps but I got &quot;LINCS&quot; error around 300ps.  It&#39;s happening due to the addition
 of phosphate ions as I have simulated my protein in water earlier without any problem. During nvt quilibration the temperature coupling settings were for Protein and Non protein groups. Do I have to make groups for Protein and water_ion. Please comment??<br>

&gt;<br>
&gt; On Tue, Sep 27, 2011 at 7:09 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt; bharat gupta wrote:<br>
&gt;<br>
&gt; HI,<br>
&gt;<br>
&gt; I have tried simulating my protein (GFP) solvated with water molecules and 10 phosphate ions. During the md run step the system starts exploding after  500 ps. What could be the reason for this . I know this is happening due to the addition of phosphate ion
 but I need to study the binding of ions . So, what shall I do ??<br>
&gt;<br>
&gt;  <br>
&gt;<br>
&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Blowing_Up#Diagnosing_an_Unstable_System" target="_blank">
http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Blowing_Up#Diagnosing_an_Unstable_System</a><br>
&gt;<br>
&gt; -Justin<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; ========================================<br>
&gt;<br>
&gt; Justin A. Lemkul<br>
&gt; Ph.D. Candidate<br>
&gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>
&gt; MILES-IGERT Trainee<br>
&gt; Department of Biochemistry<br>
&gt; Virginia Tech<br>
&gt; Blacksburg, VA<br>
&gt; jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
&gt; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
&gt;<br>
&gt; ========================================<br>
&gt; --<br>
&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">
http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to
<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; Bharat<br>
&gt; Ph.D. Candidate<br>
&gt; Room No. : 7202A, 2nd Floor<br>
&gt; Biomolecular Engineering Laboratory<br>
&gt; Division of Chemical Engineering and Polymer Science<br>
&gt; Pusan National University<br>
&gt; Busan -609735<br>
&gt; South Korea<br>
&gt; Lab phone no. - +82-51-510-3680, +82-51-583-8343<br>
&gt;<br>
&gt; Mobile no. - 010-5818-3680<br>
&gt; E-mail : <a href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a><br>
&gt;<br>
&gt;  <br>
<br>
-- <br>
Bharat<br>
Ph.D. Candidate<br>
Room No. : 7202A, 2nd Floor<br>
Biomolecular Engineering Laboratory<br>
Division of Chemical Engineering and Polymer Science<br>
Pusan National University<br>
Busan -609735<br>
South Korea<br>
Lab phone no. - +82-51-510-3680, +82-51-583-8343<u></u><u></u></div></div><p></p><div><div></div><div class="h5">
<div>
<p class="MsoNormal">Mobile no. - 010-5818-3680<br>
E-mail : <a href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a><u></u><u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div></div></div>
</div>
</div>

<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Bharat<br>Ph.D. Candidate<br>
Room No. : 7202A, 2nd Floor<br>Biomolecular Engineering Laboratory<br>Division of Chemical Engineering and Polymer Science<br>Pusan National University<br>Busan -609735<br>South Korea<br>Lab phone no. - +82-51-510-3680, +82-51-583-8343<div>
Mobile no. - 010-5818-3680<br>E-mail : <a href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a></div><br>