<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div><span>Dear Justin,</span></div><div><br><span></span></div><div><span>Of course I tried&nbsp;</span> typing "help" at the make_ndx prompt but I couldn't generate a .ndx file for my purposes.&nbsp; I strongly need expert help for using make_ndx tool. I'm trying to generate .ndx file for more than one week. Finally I decided to ask it to mailing list. So I will be appreciate for any help.<br></div><div><br></div><div>Thanks for your help.</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><font face="Arial" size="2"><hr size="1"><b><span style="font-weight: bold;">From:</span></b> Justin A. Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br><b><span style="font-weight:
 bold;">To:</span></b> Molecular Dynamics &lt;moleculardynamics@yahoo.com&gt;; Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Monday, October 3, 2011 5:17 PM<br><b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> Re: [gmx-users] make_ndx and rdf<br></font><br><br><br>Molecular Dynamics wrote:<br>&gt; Dear All,<br>&gt; <br>&gt; I want to calculate rdf for carbon-oxygen, carbon-hydrogen and carbon-water using g_rdf but how can I generate an .ndx file that are suitable for these systems ? I searched mailing list and read manual but couldn't generate .ndx file using make_ndx tool. However, I tried to see the make_ndx examples in gromacs wiki page but couldn't reach the wiki page. Could you please help me about generating .ndx file&nbsp; ?<br>&gt; <br>&gt; Carbon in group 1<br>&gt; hydrogen in group 2<br>&gt; oxygen in group 2<br>&gt; group 2 is water<br>&gt; <br>&gt; I will be
 gratefull for your helps.<br>&gt; <br><br>Have you tried typing "help" at the make_ndx prompt?&nbsp; You'll get tons of information, including the commands needed to create the groups you want.<br><br>-Justin<br><br>-- ========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br><br>========================================<br>-- gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at
 <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br><br><br></div></div></div></body></html>