<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 4/10/2011 6:16 PM, Ravi Kumar Venkatraman wrote:
    <blockquote
cite="mid:CA+c-nQzm-ipTRZVjiWUqyA7YLT-Zafniw+_iBy5XSNcaNJJsQg@mail.gmail.com"
      type="cite"><b>Dear all,<br>
        &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I have been trying to generate pre-equilibrated
        ethanol solvent box of 512 molecules in </b><b>OPLSAA ff. I
        used ethanol.itp in oplsaa.ff directory for generating the
        topology file for ethanol. After NVT equilibration some of the
        molecules get aggregated and there is some void in the box. I
        tried running at faster time scales like 0.2 fs then also I was
        getting the same. Please help me to overcome this problem.</b><br>
    </blockquote>
    <br>
    You should follow the suggestions here <a
      href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Non-Water_Solvation">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Non-Water_Solvation</a>.
    Even if you have, we'd need a lot more detailed information about
    your procedure and parameters to be able to guess what might have
    gone wrong.<br>
    <br>
    Mark<br>
  </body>
</html>