<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><DIV>Hi,</DIV>
<DIV>I read the standard advice for parametrization.</DIV>
<DIV>But,</DIV>
<DIV>Can anyone suggest the&nbsp;ideal force field and QM method( for paramterization using gaussian say, HF, DFT etc) to study the interaction between a protein and a ligand when i am&nbsp;using GROMCAs simulation program.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Thanking you </DIV>
<DIV>Mary<BR>--- On <B>Tue, 4/10/11, Mark Abraham <I>&lt;Mark.Abraham@anu.edu.au&gt;</I></B> wrote:<BR></DIV>
<BLOCKQUOTE style="BORDER-LEFT: rgb(16,16,255) 2px solid; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px"><BR>From: Mark Abraham &lt;Mark.Abraham@anu.edu.au&gt;<BR>Subject: Re: [gmx-users] partial atomic charges<BR>To: "Discussion list for GROMACS users" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<BR>Date: Tuesday, 4 October, 2011, 12:06 PM<BR><BR>
<DIV id=yiv346003959>On 4/10/2011 5:20 PM, MARY VARUGHESE wrote: 
<BLOCKQUOTE type="cite">
<TABLE border=0 cellSpacing=0 cellPadding=0>
<TBODY>
<TR>
<TD vAlign=top>Hi,<BR><BR>I , am working on interaction between proteins/nucleic acids and ligands. <BR>On deriving partial atomic charges using gaussian can anyone suggest,<BR>among HF-6-31G* and B3LYP-6-31G which one is ideal(or any other one to suggest) and why?<BR>I mean to get the partial atomic charges of the ligand which i have to dock to a protein, which charge derivation method is ideal for gromacs.<BR><BR>Your suggestions will be very much helpful.<BR></TD></TR></TBODY></TABLE></BLOCKQUOTE><BR>The standard advice for parametrization can be found here <A href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Parameterization" rel=nofollow target=_blank>http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Parameterization</A><BR><BR>Mark<BR></DIV><BR>-----Inline Attachment Follows-----<BR><BR>
<DIV class=plainMail>-- <BR>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <A href="http://in.mc951.mail.yahoo.com/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A><BR><A href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target=_blank>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>Please search the archive at <A href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target=_blank>http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</A> before posting!<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or send it to <A href="http://in.mc951.mail.yahoo.com/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</A>.<BR>Can't post? Read <A href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target=_blank>http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</A></DIV></BLOCKQUOTE></td></tr></table>