<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 4/10/2011 5:20 PM, MARY VARUGHESE wrote:
    <blockquote
      cite="mid:1317709204.76177.YahooMailClassic@web95104.mail.in2.yahoo.com"
      type="cite">
      <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
        <tbody>
          <tr>
            <td style="font: inherit;" valign="top">Hi,<br>
              <br>
              I , am working on interaction between proteins/nucleic
              acids and ligands. <br>
              On deriving partial atomic charges using gaussian can
              anyone suggest,<br>
              among HF-6-31G* and B3LYP-6-31G which one is ideal(or any
              other one to suggest) and why?<br>
              I mean to get the partial atomic charges of the ligand
              which i have to dock to a protein, which charge derivation
              method is ideal for gromacs.<br>
              <br>
              Your suggestions will be very much helpful.<br>
            </td>
          </tr>
        </tbody>
      </table>
    </blockquote>
    <br>
    The standard advice for parametrization can be found here <a
      href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Parameterization">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Parameterization</a><br>
    <br>
    Mark<br>
  </body>
</html>