<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hi,<br>
<br>
I , am working on interaction between proteins/nucleic acids and ligands. <br>
On deriving partial atomic charges using gaussian can anyone suggest,<br>
among HF-6-31G* and B3LYP-6-31G which one is ideal(or any other one to suggest) and why?<br>
I mean to get the partial atomic charges of the ligand which i have to dock to a protein, which charge derivation method is ideal for gromacs.<br>
<br>
Your suggestions will be very much helpful.<br>
<br>
Thanking you<br>
<br>
Mary Varughese<br>
SPAP<br>
M.G.University</td></tr></table>