Hi!<br>I&#39;m performing the analysis of a 30 residues PVA polymer chain in SPC water. <br>I&#39;m trying to find the dihedral transition times of each residue (possibly as an histogram &#39;number of transitions vs. residue number&#39;).<br>
I&#39;ve already tried:<br><br>1) g_angle -f traj.trr -s topol.tpr -n angle.ndx -oh histo.xvg<br>but it gives no output besides angdist.xvg<br><br>2) g_dih -f traj.trr -s topol.tpr -o dihe.out<br>but it gives no output besides an empty dihe.out<br>
<br>3) g_chi (it says there are no dihedral angles in the structure. I guess that this program is for proteins only and it doesn&#39;t recognize PVA backbone dihedrals...).<br>I&#39;ve tried these programs on both gromacs 4.5.3 and gromacs 3.3.3.<br>
<br>Thanks for any incoming help!<br><br>Giulio<br>