<br clear="all">Dear All,<br>            <br> My commands where,<br><br>    genconf_d -f ethanol.gro -o ethanol512.gro -nbox 8 8 8<br>    <br>    editconf_d -f eth512.gro -density 785.22 -o den.gro<br><br>    I saw the den.gro by using VMD. I saw only as points but not the molecules.<br>
<br>    EM:<br><br>    grompp_d -f em.mdp -c den.gro -p ethanol.top -o em.tpr<br>  <br>    mdrun_d -deffnm em<br> <br>    I saw em.gro using VMD. Now I see ethanol molecules arranged all over the    box in order.<br><br><br>
<b>With Regards,<br>Ravi Kumar Venkatraman,<br>IPC Dept., IISc,<br>Bangalore, INDIA.<br><br><span style="color: rgb(0, 102, 0);">+91-9686933963.</span></b><br><br>