Hi all,<br><br>I found that the 99SB force field in AMBERTOOLS1.5 and GROMACS4.5.4 have different force constants for bond and angle parameters, after converting them to the same unit.<br><br>So for those in AMBER<br>[ moleculetype ]<br>

; molname       nrexcl ; <span class="il">TIP3P</span> model<br>  WAT             2<br><br>[ atoms ]<br>;   nr   type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass<br>
     1     OW      1     WAT     O      1     -0.834   16.00000<br>     2     HW      1     WAT    H1      1      0.417    1.00800<br>     3     HW      1     WAT    H2      1      0.417    1.00800<br><br>#ifdef FLEXIBLE<br>


[ bonds ]<br>; i j   funct   length  force.c.<br>1   2   1   0.09572   462750.4 0.09572   462750.4<br>1   3   1   0.09572   462750.4 0.09572   462750.4<br><br>[ angles ]<br>; i j   k   funct   angle   force.c.<br>2   1   3   1   104.520    836.800  104.520    836.800<br>


#else<br>[ settles ]<br>; i j   funct   length<br>1   1   0.09572 0.15139<br><br>[ exclusions ]<br>1   2   3<br>2   1   3<br>3   1   2<br>#endif<br><br><br><br><br><br><br>while for GROMACS, that is, in the amber99sb.ff/<span class="il">tip3p</span>.itp file,<br>

<br>[ moleculetype ]<br>
; molname       nrexcl<br>SOL             2<br><br>[ atoms ]<br>; id  at type     res nr  res name  at name  cg nr  charge    mass<br>  1   OW          1       SOL       OW       1      -0.834    16.00000<br>  2   HW          1       SOL       HW1      1       0.417     1.00800<br>


  3   HW          1       SOL       HW2      1       0.417     1.00800<br><br>#ifndef FLEXIBLE<br><br>[ settles ]<br>; OW    funct   doh     dhh<br>1       1       0.09572 0.15139<br><br>[ exclusions ]<br>1       2       3<br>


2       1       3<br>3       1       2<br><br>#else<br><br>[ bonds ]<br>; i     j       funct   length  force_constant<br>1       2       1       0.09572 502416.0   0.09572        502416.0<br>1       3       1       0.09572 502416.0   0.09572        502416.0<br>


<br><br>[ angles ]<br>; i     j       k       funct   angle   force_constant<br>2       1       3       1       104.52  628.02      104.52  628.02<br><br>#endif<br><br><br><br>So I wonder why different parameters for tip3p water are used in GMX, even for the save force field ?<br>

<br>Thanks for any suggestion,<br><br>Yun<br>