Dear All,<br><br>while energy minimization with the protein fixed i am getting following error:<br><br><br><b>t = 0.011 ps: Water molecule starting at atom 21089 can not be settled.<br>Check for bad contacts and/or reduce the timestep.</b><br>

Even if i am reducing timesteps its not working.<br>The minim.mdp file which i have used is:; <br><br><br>ntegrator      = steep         ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)<br>emtol           = 1000          ; Stop minimization when the maximum force &lt; 1000.0 kJ/mol/nm<br>

dt              = 0.01<br>emstep          = 0.01          ; Energy step size<br>nsteps          = 20000         ; Maximum number of (minimization) steps to perform<br><br>constraints     =  all-bonds    ; convert all bond to constraints<br>

; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions<br>nstlist         = 5             ; Frequency to update the neighbor list and long range forces<br>ns_type         = grid          ; Method to determine neighbor list (simple, grid)<br>

rlist           = 1             ; Cut-off for making neighbor list (short range forces)<br>coulombtype     = PME           ; Treatment of long range electrostatic interactions<br>rcoulomb        = 1             ; Short-range electrostatic cut-off<br>

rvdw            = 1             ; Short-range Van der Waals cut-off<br>pbc             = xyz           ; Periodic Boundary Conditions (yes/no)<br>optimize_fft             = yes<br>pme_order                = 4<br>fourierspacing           = 0.15<br>

; Non-equilibrium MD stuff<br>freezegrps               = Protein Sol<br>freezedim                = Y Y Y   N N N<br><br><br>Regards,<br>Prakash.<br>