
<html>

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    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    On 6/10/2011 11:54 PM, prakash verma wrote:

    <blockquote

cite="mid:CAEUanMFi7mSDPAUUOgtqgsX7Uf=JNivzn5waAX7Xp1Wa4acbrw@mail.gmail.com"

      type="cite">Dear All,<br>

      <br>

      while energy minimization with the protein fixed i am getting

      following error:<br>

      <br>

      <br>

      <b>t = 0.011 ps: Water molecule starting at atom 21089 can not be

        settled.<br>

      </b></blockquote>

    <br>

    Rigid water models and EM are not a great combination. define =

    -DFLEXIBLE in the .mdp file is usually a good idea.<br>

    Position restraints are normally a better idea than frozen atoms for

    EM.<br>

    <br>

    Mark<br>

    <br>

    <blockquote

cite="mid:CAEUanMFi7mSDPAUUOgtqgsX7Uf=JNivzn5waAX7Xp1Wa4acbrw@mail.gmail.com"

      type="cite"><b>Check for bad contacts and/or reduce the timestep.</b><br>

      Even if i am reducing timesteps its not working.<br>

      The minim.mdp file which i have used is:; <br>

      <br>

      <br>

      ntegrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = steep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Algorithm (steep = steepest

      descent minimization)<br>

      emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Stop minimization when the

      maximum force &lt; 1000.0 kJ/mol/nm<br>

      dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.01<br>

      emstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.01&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Energy step size<br>

      nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 20000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Maximum number of (minimization)

      steps to perform<br>

      <br>

      constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; all-bonds&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; convert all bond to constraints<br>

      ; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and

      how to calculate the interactions<br>

      nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Frequency to update the neighbor

      list and long range forces<br>

      ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Method to determine neighbor

      list (simple, grid)<br>

      rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Cut-off for making neighbor list

      (short range forces)<br>

      coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = PME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Treatment of long range

      electrostatic interactions<br>

      rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Short-range electrostatic

      cut-off<br>

      rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Short-range Van der Waals

      cut-off<br>

      pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Periodic Boundary Conditions

      (yes/no)<br>

      optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<br>

      pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4<br>

      fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.15<br>

      ; Non-equilibrium MD stuff<br>

      freezegrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Protein Sol<br>

      freezedim&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Y Y Y&nbsp;&nbsp; N N N<br>

      <br>

      <br>

      Regards,<br>

      Prakash.<br>

      <br>

      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>

      <br>

    </blockquote>

    <br>

  </body>

</html>