<div class="gmail_quote">2011/10/6 Matthew Zwier <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mczwier@gmail.com">mczwier@gmail.com</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">

Hi,<div><br></div><div>If you don&#39;t get any takers, you could always just make a huge box of water (which usually dominates explicit-solvent MD costs) and run it.  That way, you could scale up the size of the box arbitrarily to achieve good parallelization across that many cores.  I&#39;m not sure that&#39;d be scientifically useful, but it sounds like it would fit your business needs just fine.<br>


<br></div></blockquote><div>Thank you for your suggestion. Fortunately Gromacs has an active community: I&#39;ve received multiple replies already, so anybody who&#39;s still thinking of replying is too late.<br><br>Regards,<br>

<br>Maik<br> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div><div class="gmail_quote"><div><div></div><div class="h5">On Thu, Oct 6, 2011 at 9:43 AM, Maik Nijhuis <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:maik.nijhuis@clustervision.com" target="_blank">maik.nijhuis@clustervision.com</a>&gt;</span> wrote:<br>

</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div></div><div class="h5">
Dear Gromacs users,<br><br>For one of our customers I have to test a cluster using a parallel application that runs for 1 week on 113 nodes with 12 cores each. The nodes have 20GB memory available. A large Gromacs simulation would be ideal. Unfortunately, I do not have a proper large input file for Gromacs.<br>




<br>Since I don&#39;t like wasting power and CPU cycles, I&#39;d like to ask you if anyone has a large input file that will keep the cluster busy for one week. I will run the simulation for free using Gromacs 4.5.5, and send you the output.<br>




<br>Please send me an email when you&#39;re interested. First come, first serve.<br clear="all"><br>Regards,<br><br>Maik Nijhuis<br clear="all"></div></div></blockquote></div></div></blockquote></div><br>-- <br><span></span><div>

<table style="font-size:7pt;font-family:Tahoma,Arial,Helvetica;padding:0px;border:1px solid rgb(234, 239, 242)" height="195" width="312">
<tbody><tr valign="top"><td colspan="2">
<img alt="clustervision_logo.png" title="" src="cid:GTR293021"></td></tr>
<tr><td style="padding-left:12px" nowrap valign="bottom"><font style="font-size:9pt;font-weight:bold">Dr. Maik Nijhuis<br></font><font style="font-size:7pt">HPC Benchmark Specialist<br> <br> <br>Direct: <a value="+31204077556">+31 20 407 7556</a><br>

Skype: maiknijhuis<br><a style="text-decoration:none;color:#3988c2" href="mailto:maik.nijhuis@clustervision.com" target="_blank">maik.nijhuis@clustervision.com</a></font><br> <br></td><td nowrap valign="bottom"><span> <br>

</span><font style="font-size:8pt;font-weight:bold">ClusterVision BV<br></font><font style="font-size:7pt">Nieuw-Zeelandweg 15B<br>1045 AL Amsterdam<br>The Netherlands<br>Tel: <a value="+31204077550">+31 20 407 7550</a><br>

Fax: <a value="+31847598389">+31 84 759 8389</a><br><a style="text-decoration:none;color:#003f77" href="http://www.clustervision.com/" target="_blank">www.clustervision.com</a></font><br> </td></tr></tbody></table></div>
<br>