<div>Thanks, Tsjerk.</div><div>Exactly as what you said, it was because split of molecules over</div><div>the boundary. It runs smoothly right now as I started with a dodecahedron box.</div><div> </div><div>best,</div><div>
Zhenlong<br><br></div><div class="gmail_quote">On Thu, Oct 6, 2011 at 12:24 PM, Tsjerk Wassenaar <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com">tsjerkw@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; padding-left: 1ex; border-left-color: rgb(204, 204, 204); border-left-width: 1px; border-left-style: solid;" class="gmail_quote">
Hi Zhenlong,<br>
<br>
I guess that some molecules got split over the boundaries during<br>
equilibration. You have to make them whole before changing the box.<br>
Better to start off with a rhombic dodecahedron though.<br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
Tsjerk<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
On Thu, Oct 6, 2011 at 6:29 PM, zhenlong li &lt;<a href="mailto:zxl1000@gmail.com">zxl1000@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt; Dear all,<br>
&gt; My system is based on Martini, needs a dodehedron box.<br>
&gt; Initially, it was minimized and equilibrated with a cubic box smoothly. Then<br>
&gt; I used the follow command to<br>
&gt; translate the box in to dodehedron:<br>
&gt;              editconf -f f0.gro -bt dodecahedron  -d 2 -o vesdode.gro<br>
&gt; But with this change, the simulation always blows up with the message below.<br>
&gt;<br>
&gt; Since those atoms are most at the boundary of the box, I think it is because<br>
&gt; the overlap of boundary atoms<br>
&gt; with the new box type. I tried different value for -d and -box, but still<br>
&gt; have the same problem.<br>
&gt;<br>
&gt; Can anybody give me any hint to fix this?<br>
&gt;<br>
&gt; Thanks a lot!<br>
&gt; Zhenlong<br>
&gt;<br>
&gt; ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
&gt; Making 3D domain decomposition 7 x 4 x 3<br>
&gt;<br>
&gt; A list of missing interactions:<br>
&gt;                 Bond of  79872 missing      7<br>
&gt;             G96Angle of  50688 missing      9<br>
&gt;<br>
&gt; Molecule type &#39;DPPC&#39;<br>
&gt; the first 10 missing interactions, except for exclusions:<br>
&gt;             G96Angle atoms    6    7    8      global 37638 37639 37640<br>
&gt;                 Bond atoms    7    8           global 37639 37640<br>
&gt;             G96Angle atoms   10   11   12      global 37642 37643 37644<br>
&gt;                 Bond atoms   11   12           global 37643 37644<br>
&gt;<br>
&gt; Molecule type &#39;DUPC&#39;<br>
&gt; the first 10 missing interactions, except for exclusions:<br>
&gt;             G96Angle atoms   10   11   12      global 38446 38447 38448<br>
&gt;                 Bond atoms   11   12           global 38447 38448<br>
&gt;<br>
&gt; Molecule type &#39;DPPC&#39;<br>
&gt; the first 10 missing interactions, except for exclusions:<br>
&gt;             G96Angle atoms    3    5    6      global 43395 43397 43398<br>
&gt;                 Bond atoms    5    6           global 43397 43398<br>
&gt;             G96Angle atoms    5    6    7      global 43397 43398 43399<br>
&gt;<br>
&gt; Molecule type &#39;DUPC&#39;<br>
&gt; the first 10 missing interactions, except for exclusions:<br>
&gt;             G96Angle atoms    6    7    8      global 45330 45331 45332<br>
&gt;                 Bond atoms    7    8           global 45331 45332<br>
&gt;<br>
&gt; Molecule type &#39;DUPC&#39;<br>
&gt; the first 10 missing interactions, except for exclusions:<br>
&gt;             G96Angle atoms    5    6    7      global 57173 57174 57175<br>
&gt;                 Bond atoms    6    7           global 57174 57175<br>
&gt;             G96Angle atoms    6    7    8      global 57174 57175 57176<br>
&gt;<br>
&gt; Molecule type &#39;DPPC&#39;<br>
&gt; the first 10 missing interactions, except for exclusions:<br>
&gt;             G96Angle atoms    6    7    8      global 63822 63823 63824<br>
&gt;                 Bond atoms    7    8           global 63823 63824<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
</div></div>&gt; --<br>
&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at<br>
&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>
<br>
post-doctoral researcher<br>
Molecular Dynamics Group<br>
* Groningen Institute for Biomolecular Research and Biotechnology<br>
* Zernike Institute for Advanced Materials<br>
University of Groningen<br>
The Netherlands<br>
<font color="#888888">--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></blockquote></div><br>