<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; ">Hi everyone!</div><div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; "><br></div><div><font class="Apple-style-span" face="'times new roman', 'new york', times, serif" size="3">I have some questions on g_hbond. According to Manual 4.5.4, hydrogen-bonds are counted/determined by g_hbond based on angle and distance cut-offs. The distance cut-off is based on the acceptor-donor distance. However, the online manual says that the distance is based on&nbsp;</font>Hydrogen - Acceptor distance? The link to the online manual is as&nbsp;follows:&nbsp;</div><div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'Times New Roman';
 "><br></span></div><div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'Times New Roman'; font-size: 16px; "><a href="http://manual.gromacs.org/online/g_hbond.html">http://manual.gromacs.org/online/g_hbond.html</a><br></span></div><div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; "><br></div><div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; ">I am using Gromacs 4.5.3. I found out that g_hbond does not give the correct counts due to a bug</div><div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; "><br></div><div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; "><a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2011-May/061249.html">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2011-May/061249.html</a><br></div><div
 style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; "><br></div><div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; ">I am fairly new to using Gromacs with limited knowledge in programming. How do I get this bug fixed with my current version? How can I patch the fix suggested above?</div><div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; "><br></div><div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; ">The other question will be. Does the most recent version has the g_hbond fixed? I use Gromacs via Cygwin. Just in case I install the the new version, I would like to keep my old one. Is it ok, or do I have remove it?</div><div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; "><br></div><div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; ">Thanks. &nbsp;
 &nbsp;</div><div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; "><br></div><div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; ">Bernard</div></div></body></html>