<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div><div>Hi everyone!</div><div><br></div><div>I have some questions on g_hbond. According to Manual 4.5.4, hydrogen-bonds are counted/determined by g_hbond based on angle and distance cut-offs. The distance cut-off is based on the acceptor-donor distance. However, the online manual says that the distance is based on Hydrogen - Acceptor distance? The link to the online manual is as follows:&nbsp;</div><div><br></div><div>http://manual.gromacs.org/online/g_hbond.html</div><div><br></div><div>I am using Gromacs 4.5.3. I found out that g_hbond does not give the correct counts due to a bug</div><div><br></div><div>http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2011-May/061249.html</div><div><br></div><div>I am fairly new to using Gromacs with limited knowledge in programming. How do I get this bug fixed with my current version? How
 can I patch the fix suggested above?</div><div><br></div><div>The other question will be. Does the most recent version has the g_hbond fixed? I use Gromacs via Cygwin. Just in case I install the the new version, I would like to keep my old one. Is it ok, or do I have remove it?</div><div><br></div><div>Thanks. &nbsp; &nbsp;</div><div><br></div><div>Bernard</div></div></div></body></html>