Dear all, <br>I have a set of proteins(in pdb format) in which some are solved by X-ray diffraction and some by NMR.<br>I have done the md simulation of these proteins using gromacs for 30ns [For NMR structures, i have taken the first model as the starting structure]<br>
<br>Now, that i want to calculate the RMSF value from the simulations and compare with the RMSF values from experimental structures [X-ray/NMR]<br>For the proteins with crystal structures , calculation is done using using g_rmsf function and the comparison is done.<br>
<br>and  for protein from NMR structure , the RMSF values are calculated from the simulation trajectory. But in order to compare these, how does one get the RMSF values ? ,since<br> the pdb file doesn&#39;t have the b-factors ..<br>
<br>Is it a good idea to use the  NMR ensembles ( usually 20 models from NMR) to derive the RMSF  and compare these with simulation results ..?<br>or is there any other parameter that i can calculate from NMR models, which is similar to RMSF ..?<br>
<br>Thanksin advance ..<br><br>Thanking You<br>Gurunath<br>