And another difference I noticed from .log files are:<br>..............<br>Initial maximum inter charge-group distances:<br>    two-body bonded interactions: 0.451 nm, LJ-14, atoms 3586 4808<br>  multi-body bonded interactions: 0.451 nm, Proper Dih., atoms 3586 4808<br>

Minimum cell size due to bonded interactions: 0.496 nm<br>................<br>Optimizing the DD grid for 48 cells with a minimum initial size of 0.620 nm<br>The maximum allowed number of cells is: X 12 Y 12 Z 12<br>Domain decomposition grid 8 x 3 x 2, separate PME nodes 24<br>

PME domain decomposition: 8 x 3 x 1<br>Interleaving PP and PME nodes<br>This is a particle-particle only node<br><br>Domain decomposition nodeid 0, coordinates 0 0 0<br><br>Using two step summing over 21 groups of on average 2.3 processes<br>

...................<br><br>for the slow one, while for the fast one:<br>................<br>Initial maximum inter charge-group distances:<br>    two-body bonded interactions: 0.450 nm, LJ-14, atoms 2064 3014<br>  multi-body bonded interactions: 0.450 nm, Proper Dih., atoms 2064 3014<br>

Minimum cell size due to bonded interactions: 0.494 nm<br>................<br><br>Optimizing the DD grid for 48 cells with a minimum initial size of 0.618 nm<br>The maximum allowed number of cells is: X 12 Y 12 Z 12<br>Domain decomposition grid 8 x 3 x 2, separate PME nodes 24<br>

PME domain decomposition: 8 x 3 x 1<br>Interleaving PP and PME nodes<br>This is a particle-particle only node<br><br>Domain decomposition nodeid 0, coordinates 0 0 0<br><br>Using two step summing over 18 groups of on average 2.7 processes<br>

................<br><br><br>Are these differences likely to generate huge performance difference?<br><br>Thanks,<br>Yun<br>