chetan,<br><br>i&#39;m not sure about the use of -sl option in g_order.<br><br>however, for the purpose you mentioned, i&#39;d suggest you to:<br>create two different trajectories, using trjconv and an index file grouping lipids closer to the protein and lipids away from the protein.<br>

then, you should be able to analyse each trajcetory and get the order parameters for each group of lipids.<br><br>good luck,<br>igor<br><br><br clear="all">      Igor Marques<br>
<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Oct 11, 2011 at 6:20 PM, Poojari, Chetan <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:c.poojari@fz-juelich.de">c.poojari@fz-juelich.de</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">

Hi,<br>
<br>
I have protein completely inserted into lipid membrane and would like to study order parameter around the protein as well as away from the protein.<br>
<br>
For this I would like to slice my membrane into parts.<br>
<br>
I tried the following command:<br>
<br>
g_order -s *.tpr -f *.xtc -n sn1.ndx -d z -od deuter_sn1.xvg -sl 2<br>
<br>
The output i get from this is as same as the one where i dont use -sl 2 flag and it also doesnt show the different parts it has used for order parameter calculation.<br>
<br>
Please can I know how to slice my lipid membrane so that i can study order parameter for each part separately.<br>
<br>
<br>
Kind Regards,<br>
chetan<br>
<br>
------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
Forschungszentrum Juelich GmbH<br>
52425 Juelich<br>
Sitz der Gesellschaft: Juelich<br>
Eingetragen im Handelsregister des Amtsgerichts Dueren Nr. HR B 3498<br>
Vorsitzender des Aufsichtsrats: MinDirig Dr. Karl Eugen Huthmacher<br>
Geschaeftsfuehrung: Prof. Dr. Achim Bachem (Vorsitzender),<br>
Karsten Beneke (stellv. Vorsitzender), Prof. Dr.-Ing. Harald Bolt,<br>
Prof. Dr. Sebastian M. Schmidt<br>
------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
<font color="#888888">--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></blockquote></div><br>