<div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:arial"><DIV style="FONT-SIZE: 14px; COLOR: #000000; LINE-HEIGHT: 1.7; FONT-FAMILY: arial">
<DIV style="FONT-SIZE: 14px; COLOR: #000000; LINE-HEIGHT: 1.7; FONT-FAMILY: arial">
<DIV>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align="left"><SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.5pt; mso-font-kerning: 0pt; mso-ansi-language: ZH-CN"><FONT face="Times New Roman">Hi, dear all,<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align="left"><SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.5pt; mso-font-kerning: 0pt; mso-ansi-language: ZH-CN"><FONT face="Times New Roman">I¡¯m doing the simulation involved in protein and some surface.<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align="left"><FONT face="Times New Roman"><SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.5pt; mso-font-kerning: 0pt; mso-ansi-language: ZH-CN">I encounter this problem when trying to use implicit solvent</SPAN><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt; mso-font-kerning: 0pt"> model with GMX<st1:chsdate IsROCDate="False" IsLunarDate="False" Day="30" Month="12" Year="1899" w:st="on">4.5.3</st1:chsdate>.<o:p></o:p></SPAN></FONT></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align="left"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt; mso-font-kerning: 0pt"><o:p><FONT face="Times New Roman">&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; TEXT-ALIGN: left; mso-layout-grid-align: none" align="left"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt; mso-font-kerning: 0pt"><FONT face="Times New Roman">First, minimize. When doing this I got the result as below:<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">Step=<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0, Dmax= 1.0e-02 nm, Epot= -1.91727e+06 Fmax= 6.19542e+06, atom= 2073<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">Step=<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>1, Dmax= 1.0e-02 nm, Epot= -1.99260e+06 Fmax= 1.05712e+06, atom= 2073<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">Step=<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>2, Dmax= 1.2e-02 nm, Epot= -2.09734e+06 Fmax= 1.79058e+05, atom= 2073<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">Step=<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>4, Dmax= 7.2e-03 nm, Epot= -2.17474e+06 Fmax= 7.22113e+04, atom= 2073<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">Step=<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>6, Dmax= 4.3e-03 nm, Epot= -2.17724e+06 Fmax= 4.33926e+04, atom= 2073<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">Step=<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>8, Dmax= 2.6e-03 nm, Epot= -2.18069e+06 Fmax= 3.24778e+04, atom= 2073<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">Step=<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>10, Dmax= 1.6e-03 nm, Epot= -2.18404e+06 Fmax= 2.76114e+04, atom= 2073<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">Step=<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>13, Dmax= 4.7e-04 nm, Epot= -2.18500e+06 Fmax= 2.63803e+04, atom= 2073<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">Step=<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>17, Dmax= 7.0e-05 nm, Epot= -2.18514e+06 Fmax= 2.62045e+04, atom= 2073<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">Step=<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>19, Dmax= 4.2e-05 nm, Epot= -2.18522e+06 Fmax= 2.61000e+04, atom= 2073<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">Step=<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>22, Dmax= 1.3e-05 nm, Epot= -2.18524e+06 Fmax= 2.60689e+04, atom= 2073<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">Step=<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>23, Dmax= 1.5e-05 nm, Epot= -2.18527e+06 Fmax= 2.60315e+04, atom= 2073<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">Step=<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>27, Dmax= 2.3e-06 nm, Epot= -2.18527e+06 Fmax= 2.60258e+04, atom= 2073<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">Step=<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>29, Dmax= 1.4e-06 nm, Epot= -2.18488e+06 Fmax= 2.60222e+04, atom= 2073<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">Stepsize too small, or no change in energy.<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">Converged to machine precision,<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">but not to the requested precision Fmax &lt; 1000</FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman"><o:p></o:p></FONT></SPAN>&nbsp;</P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">Double precision normally gives you higher accuracy.<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">writing lowest energy coordinates.<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><o:p><FONT face="Times New Roman">&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">Steepest Descents converged to machine precision in 30 steps,<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">but did not reach the requested Fmax &lt; 1000.<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">Potential Energy<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>= -2.1852700e+06<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">Maximum force<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>=<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>2.6025840e+04 on atom 2073<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">Norm of force<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>=<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>2.2667976e+03<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">---------------------------------------</FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">From above, the force is extremely large. And I don¡¯t know why.<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><o:p><FONT face="Times New Roman">&nbsp;</FONT></o:p></SPAN><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><o:p><FONT face="Times New Roman">&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt; mso-font-kerning: 0pt"><FONT face="Times New Roman">the minim.mdp is as below:<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">; minim.mdp - used as input into grompp to generate em.tpr<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">; Parameters describing what to do, when to stop and what to save<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">integrator<SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= steep<SPAN style="mso-tab-count: 2">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>; Algorithm (steep = steepest descent minimization)<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">emtol<SPAN style="mso-tab-count: 2">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 1000.0<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>; Stop minimization when the maximum force &lt; 1000.0 kJ/mol/nm<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">emstep<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 0.01<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>; Energy step size<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">nsteps<SPAN style="mso-tab-count: 2">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 50000<SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp; </SPAN><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>; Maximum number of (minimization) steps to perform<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><o:p><FONT face="Times New Roman">&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">nstlist<SPAN style="mso-tab-count: 2">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 1<SPAN style="mso-tab-count: 2">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>; Frequency to update the neighbor list and long range forces<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">ns_type<SPAN style="mso-tab-count: 2">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= grid<SPAN style="mso-tab-count: 2">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>; Method to determine neighbor list (simple, grid)<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">rlist<SPAN style="mso-tab-count: 2">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 1.0<SPAN style="mso-tab-count: 2">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>; Cut-off for making neighbor list (short range forces)<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">coulombtype<SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp; </SPAN>= Cut-off<SPAN style="mso-tab-count: 1"> </SPAN>; for Implicit solvent long-range electrostatics<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">rcoulomb<SPAN style="mso-tab-count: 1"> </SPAN>= 1.0<SPAN style="mso-tab-count: 2">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>; Short-range electrostatic cut-off<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">rvdw<SPAN style="mso-tab-count: 2">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 1.0<SPAN style="mso-tab-count: 2">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>; Short-range Van der Waals cut-off<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">pbc<SPAN style="mso-tab-count: 2">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= xyz <SPAN style="mso-tab-count: 2">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>; Periodic Boundary Conditions (yes/no)<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">; implicit_solvent<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">implicit_solvent<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= GBSA<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">gb_algorithm<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= OBC<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">nstgbradii<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 1<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">rgbradii<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 1.0<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">gb_epsilon_solvent<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 78.3<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">gb_obc_alpha<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 1<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>; OBC(II)<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">gb_obc_beta<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;</SPAN>= 0.8 ; OBC(II)<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">gb_obc_gamma<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 4.85 ; OBC(II)<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt"><FONT face="Times New Roman">gb_dielectric_offset<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>= 0.09<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt; mso-font-kerning: 0pt"><FONT face="Times New Roman">-----------------<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt; mso-font-kerning: 0pt"><FONT face="Times New Roman">Is there any item that¡¯s not proper or needed to add?<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt; mso-font-kerning: 0pt"><o:p><FONT face="Times New Roman">&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt; mso-font-kerning: 0pt"><FONT face="Times New Roman">Is the minimization necessary for implicit solvent? </FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt; mso-font-kerning: 0pt"><FONT face="Times New Roman">Thank you again for your reading.<o:p></o:p></FONT></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt; mso-font-kerning: 0pt"><o:p><FONT face="Times New Roman">&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt; mso-font-kerning: 0pt"><o:p><FONT face="Times New Roman"></FONT></o:p></SPAN></P>
<P class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.5pt; mso-font-kerning: 0pt"><FONT face="Times New Roman">Kiara</FONT></SPAN></P></DIV></DIV></DIV><BR><BR><SPAN title="neteasefooter"><SPAN id="netease_mail_footer"></SPAN></SPAN></div><br><br><span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"></span></span>