Dear Gromacs Users,<br><br>I am using opls FF for my protein-ligand simulations in lipid bilayer. I have  generated the topologies for the ligand using MKtop. The output from the MKTOP gives the top file, but not the coordinate/structure file. Please let me know if any tutorial is available for merging the output of mktop into gromacs MD simulation.<br>
<br><br><br>Thanks,<br><br>Pramod<br>