<html><head></head><body bgcolor='#FFFFFF' style='font-size:10pt;background-color:#FFFFFF;font-family:Verdana, Arial, sans-serif;'>Hi Francesco,<br/><br/>Thanks for your answer, but that's not an option for me. I really would like to force the penetreation of a water-molecule into this cavity over the couse of the trajectory.<br/><br/>Cheers<br/>Markus<br/><br/><br/><br/><br/><blockquote style="border-left: 2px solid blue; margin-left: 5px; padding-left: 5px; padding-top: 5px;"><hr/><b>Von:</b> &quot;Francesco Oteri&quot; &lt;francesco.oteri@gmail.com&gt;<br/><b>Gesendet:</b> Oct 12, 2011 6:41:05 PM<br/><b>An:</b> gmx-users@gromacs.org<br/><b>Betreff:</b> Re: [gmx-users] protein-water distance restraints<br/><br/><div>Dear Markus,<br/>If you know the residues composing the cavity (and I think you know it), you can simply change the coordinates<br/>of the water molecule in the .gro file to move the water in the cavity.<br/><br/>Francesco<br/><br/><br/>Il 12/10/2011 18:17, Markus Weingarth ha scritto:<blockquote><br/>Dear Gromacs-users,<br/><br/>I would like to force an arbitrary water molcule from the box into an occluded cavity of a membrane-channel. It do not want this water molcule within the cavity at the beginning of the simulation.<br/><br/>I though that I could implement intermolecular distance restraints between a water residue an the protein, but I did not manage that and all the suggestions I found here to implement intermolecular distance restraints seem not to work out for water - protein contacts. Does anybody has a suggestion how to implement such restraints ? Would the pull-code an option for my problem ?<br/><br/>Thank you very much<br/>Markus<br/><br/><br/><br/>&nbsp;&nbsp;<br/><br/><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tr><td bgcolor="#000000"><img alt="" border="0" height="1" src="https://img.ui-portal.de/p.gif" width="1"/></td></tr><tr><td style="font-family: verdana; font-size: 12px; line-height: 17px;">SMS schreiben mit WEB.DE FreeMail - einfach, schnell und&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br/>kostenguenstig. Jetzt gleich testen! <a href="https://freemailng0502.web.de/jump.htm?goto=http%3A%2F%2Ff.web.de%2F%3Fmc%3D021192"><b>http://f.web.de/?mc=021192</b></a></td></tr></table><br/><fieldset class="mimeAttachmentHeader"/><fieldset/>&nbsp;<fieldset/> <fieldset/></blockquote></div></blockquote>&nbsp;&nbsp;<br><br><table cellpadding="0" cellspacing="0" border="0"><tr><td bgcolor="#000000"><img src="https://img.ui-portal.de/p.gif" width="1" height="1" border="0" alt="" /></td></tr><tr><td style="font-family:verdana; font-size:12px; line-height:17px;">SMS schreiben mit WEB.DE FreeMail - einfach, schnell und&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>kostenguenstig. Jetzt gleich testen! <a href="http://f.web.de/?mc=021192"><b>http://f.web.de/?mc=021192</b></a></td></tr></table>
</body></html>