Hi there,<br>I am trying to run the free energy tutorial by David mobley mentioned at <i><b>h</b><b>ttp://<a href="http://www.dillgroup.ucsf.edu/group/wiki/index.php?title=Free_Energy:_Tutorial">www.dillgroup.ucsf.edu/group/wiki/index.php?title=Free_Energy:_Tutorial</a></b></i><br>
While running a test run for lambda value of 0, I found that there is some problem with the generated trajectory, I observed the distorted (straight lines running between box edges) methane structure in the water box while viewing the co-ordinate movie. <br>
Thinking that, this scenario relates to the periodic boundary conditions. I checked the parameter file where <b>pbc = xyz.<br><br></b>Please suggest what may be the reason for the distortion in methane during simulation.<b><br>
</b><br>Thanks and regards,<br><b>Vivek Sharma</b><br><br>