Hello all,<br><br>I have read in many papers where restraints have been applied to ensembles of structures and I can theoritically think of that but I am not able to get my head around on how to implement it.<br>Theoretically the method should do this :<br>

1). Once we have N structures that we want to simulate in parallel we find the ensemble averaged restraint potential and add it to the Forcefield potential or compute the force on each atom based on this and add it to the gradient of force-field. <br>

2). Simulate each protein with this modified potential for some Nstep steps. <br>3). Collect all the conformations at the end of Nstep steps and then recompute the restraint potential and redo from step 1 until convergence of energy. <br>

<br>Since the restraint I am looking for is RDC&#39;s, I have to take extra care of aligning all the snapshots once I collect them. <br>But how to actually implement it in Gromacs??   Should I write a script that does this outside of Gromacs MDrun purview or is there an smart way of doing this?<br>

<br>Thanks<br>Santhosh<br>