Dear gmxer&#39;s<br>I am simulating a protein, want to calculate the normal of plane for  Tryptophan residue amino acid in that protein.<br>We need to take into account that, in simulation, atoms of TRP vibrate all the time, and they are not always on the same plane:<br>
If they were on the same plane in my simulation, to calculate the normal would be rather straighforward.<br>As those atoms are not on the same plane, I think my calculation should be something like least square fitting. I look at g_rms command, <br>
and plan to calculate the normal in following steps:<br>1. create a Tryptophan with ideal configuration, where all 8 C atom and N atom (except CB atom) should be in the same plane,<br>    I put these 9 atoms in xy plane, and the normal of this TRP molecule is just z axis<br>
2.I then calculate the rms between the TRP residue in my simulation and that ideal TRP molecule<br>3.If I know the rotate matrix (e.g. how to rotate the TRP in my simulation in the least-squares fitting  of rms calculation), then I<br>
   just rotate z axis (0,0,1) back ( in other words, multiple z axis (0,0,1) with the inverse of that rotate matrix) to get the plane normal<br>   for TRP in my simulation.<br>So, I am wondering how to know the the rotate matrix when g_rms do  the least-squares fitting? Is that in the comparison matrix<br>
dumped by the -bin option? If so, how to read the rotate matrix from that binary file produced by -bin option?<br>Or, if there is other way that I can calculate plane normal for TRP?<br>Thank you so much for your kind help.<br>
yours<br>xiaodong<br>school of chem, ANU<br>