Dear Gromacs users!<br><br>I have couple of questions about some Gromacs features.<br><br><br>1- I&#39;m looking for tutorial where I could find clear example of  force fied based Normal Mode Analysis via Gromacs<br><br>E.g on first step I would like to prepare structure of my protein in pereodic boundary conditions and conduct energy minimization ( I&#39;ve already can do it). Next I&#39;d like to conduct full-atomic Normal Mode analysis and obtain motion trajectories along some lowest frequency modes for futher visualization in VMD. Finally I&#39;d like to obtain information about  frequencies ( eigenvalues) of each mode as well as frequencies of each residue fluctuations along different modes. <br>
<br><br>2- Also I&#39;m looking for possible ways to enhanse Gromacs efficiency eg via ussage of multi cores of my CPU. I&#39;ve found possible sillution via MPI function but this way dowsnt work in my case. How I can activate hyperthreading function as well as other possible ways ?<br>
<br><br>Thank you for your help<br><br>James<br>